ĐỐI với nhà Lê, sau khi bại vong, vua Thanh Kiền-long cũng như vua Quang-trung, không muốn có chuyện khơi gợi đến nữa.
Khi cho bọn Nguyễn Đỉnh-Bài 38 người (đám theo vua Lê Chiêu-thống) cùng với 43 người trong gia quyến họ về nước, vua Thanh phải dặn Phúc Khang-An nói với Quốc vương (chỉ vua Quang-trung) biết trước rằng họ về đến nước Nam, thì Quốc vương cứ quản thúc. Về phần họ, chắc họ phải yên phận, giữ phép không dám gây sự khuấy rối gì đâu. Nhưng nếu họ có mật đem thư tín Lê Duy-Kỳ (Chiêu-thống) về nước để phiến-hoặc lòng người, thì Quốc vương cứ việc trừng trị, không cần phải e-dè kiêng-nể vì cớ bọn họ đã do « Thiên triều » cho về.
Nhưng âm mưu phù Lê kia không phải do bọn ở ngoài về, mà lại chính bởi hoàng Ba Lê Duy-Chỉ (em vua Lê Chiêu-thống), người vẫn lẩn quất ở trong nước.
Duy-Chỉ thấy cuộc Việt, Thanh giao thiệp đã mười phần xong xuôi, không thể còn giữ hi-vọng vào anh là Chiêu-thống nữa, bèn lén đến châu Bảo-lạc thuộc trấn Tuyên-quang, nương tựa viên thổ-tù tên là Khoan-Triều, rồi chiêu hiền mãi mã, có chí khôi phục nhà Lê. Lúc ló ra, lúc im bặt, tung tích bất thường. Duy-Chỉ hoạt động một vùng biên thùy ; Tây-sơn nhiều lần phái quân đi tiễu mà chưa dẹp yên được. Từ đó Duy-Chỉ lẫn quất ở trong rừng núi, người ta không biết đích xác ở đâu.
Khi hay tin Duy-Chỉ lại vùng vẫy ở Bảo-lạc, tràn lan đến cả những vùng Mục-mã, Thái-nguyên, quan lưu-thủ thành Thăng-long liền cắt Phan Văn-Chuẩn đem binh đi dẹp. 427
Sau lại dựa vào lực lượng bọn thổ-tù Nùng Phúc-Tấn và Hoàng Văn-Đồng, Duy-Chỉ chiếm giữ Tuyên-quang, Cao-bằng làm chỗ đứng chân, rồi liên kết với các xứ Vạn-tượng, Trấn-ninh, Trịnh-cao và Qui-hợp, mưu đánh phá Nghệ-an trước.
Năm canh-tuất (1770), vua Quang-trung sai đại-tổng quản Trần Quang-Diệu và đô-đốc Nguyễn Văn-Uyển đem 5000 tinh binh do thượng đạo trấn Nghệ-an đi đánh dẹp, bắt ngay được hai cừ-khôi xứ Trấn-ninh là Thiệu-Kiểu, Thiệu-Đế (tháng 6 năm canh-tuất) ; diệt được hai Trịnh-cao, Qui-hợp (tháng 8, năm ấy), đánh được xứ Vạn-tượng khiến cho Quốc-trưởng xứ ấy phải bỏ thành chạy dài, bỏ voi, ngựa, chiêng, trống cho quân ta chiếm lấy. Luôn dịp quân ta đuổi riết đến xứ Tiêm-la (nay là Thái-lan) ; chém được chủ súy xứ Vạn-tượng là Tả-phan-Dung và Hữu-Phan-Siêu (tháng mười, năm ấy).
Đánh tan đám ngoại ứng rồi, Nghệ-an đốc-trấn Trần Quang-Diệu quay về Bảo-lạc
Địa thế Bảo-lạc rất hiểm, ba mặt đều là núi đá bích lập, chỉ hở một mặt phía bắc có thể thông sang nhà Thanh.
Bấy giờ nhờ có quận Diễn, phiên thần của nhà Lê cũ, coi giữ cửa ải Tụ-long, làm hướng đạo cho Tây-sơn, đưa đường đi đánh hoàng Ba Lê Duy-Chỉ ở Bảo-lạc. 428
Các tướng Tây-sơn, với một số binh tinh nhuệ, do cửa ải Tụ-long sang qua đất nhà Thanh đi ba ngày, sấn vào thành Bảo-lạc, bắt sống hoàng Ba với Phúc-Tấn và Văn-Đồng, giải về Tụ-long rồi sai đóng cũi đưa về Thăng long và dâng thư vào Phú xuân báo tiếp.
Vua Quang-trung vì nể có Ngọc-Hân công chúa, nên nói thác lên rằng cứ giam hoàng Ba đấy, không được giết. Nhưng kỳ thực, ngầm chở đi trầm hà (1790).
Để khoe với Mãn-thanh cái Võ công hiển hách ấy, vua Quang-trung sai bầy tôi là Vũ Vĩnh-Thành và Trần Ngọc-Thị sang Thanh báo tin thắng trận.
