Hai năm rõ mười về sự tồn tại của chiếc ấn trên theo bằng chứng sử liệu cho đến thời điểm này. Tuy nhiên, sự nhắc nhở về nó trong những giai đoạn sau khiến những nhà nghiên cứu lại thắc mắc nghi ngờ !

Chẳng hạn như chuyện Nguyễn Vương giao Hoàng tử Cảnh cho Giám Mục Bá đa lộc qua Pháp triều ở điện Versailles cầu viện thì có đưa ấn tín làm bằng. Theo thư với thủ bút của chính Nguyễn Vương gởi cho Pháp Hoàng có đoạn sau :

« Theo lời khuyên của Canh chi (tức Giám mục Bá đa lộc), tôi quyết tâm cầu đến Ngài. Vậy tôi giao con trai của tôi là Cảnh và cũng giao luôn chiếc ấn truyền quốc của tôi để làm tín vật cho ông xin đến yết kiến Ngài và xin Ngài những điều viện trợ cần thiết khi trở về vương quốc của tôi ». (A. Faure. Mgr. Pigneau de Béhaine, 1891, p.124)

Khởi hành từ Nam Kỳ vào cuối năm 1784, Giám Mục Bá đa lộc, sau một thời gian ghé Pondichéry (Ấn độ), đã cập bến ở Lorient (Pháp) vào tháng giêng 1787.

Cũng vào năm này (28 Novembre 1787), ở điện Versailles đã được ký kết một hiệp thư liên minh tấn công và phòng vệ giữa nước Pháp và xứ Nam Kỳ, mà phần mở đầu viết như sau :

« Hoàng đế đã ủy quyền cho ông de Montmorin thảo luận và ấn định với Giám mục d’Adran về tính chất, phạm vi, và những điều kiện viện trợ cần cung cấp ; và những đặc sứ toàn quyền này – sau khi tự hợp thức hóa địa vị của mình – nghĩa là Hầu tước de Montmorin trình bày sự toàn quyền của mình và Giám mục d’Adran trình ra cái ấn tín của Vương quốc Nam kỳ và tờ văn kiện thảo luận của Hội đồng Nội các của Vương quốc này, hai người đã đồng thỏa thuận trên những điểm và những điều khoản sau » (sau đó là những điều khoản của hiệp thư).

(Lời người viết : chữ Cochinchine rất khó dịch. Danh từ « Nam kỳ » quen dùng không hoàn toàn đúng với hoàn cảnh lịch sử thời này ; nhưng tôi xin tạm dùng cho dễ hiểu câu chuyện)

Một điều đáng nói là trong những sách Việt ngữ viết về lịch sử như Việt nam Sử lược của Trần trọng Kim chẳng hạn đều xác định về sự kiện chiếc « ấn tín » đã được Nguyễn Ánh giao cho Bá đa lộc để làm bằng khi đi cầu viện. Nhưng ông Pierre Daudin, tác giả cuốn Sigillographie sino-annamite, cắc cớ tìm kiếm hình dáng khuôn dấu ra sao. Vào năm 1935, sau khi tham khảo Hồ Sơ Lưu trữ của Bộ Ngoại giao Pháp, ông đã tìm thấy nguyên bản của tờ hiệp thư trên thì thấy ở cuối tờ này hai khuôn dấu in trên xi đỏ : một là của hình kỳ hiệu của Hầu tước de Montmorin, một là của huy hiệu giáo tông của Giám mục d’Adran. Dấu « ấn truyền quốc của xứ Nam kỳ » mà ông trông đợi phải có trên tờ hiệp thư lịch sử lại không có. Theo ông Daudin, khó mà biết rằng chiếc ấn mà Nguyễn Ánh giao cho Giám mục Bá đa lộc đã phù hợp với dấu ấn mà Nguyễn Ánh đã đóng trên bằng sắc truy tặng cho Giám mục khi tạ thế.

Giám mục Bá đa lộc đã mất vào năm 1799. Sắc bằng mà chúa Nguyễn Ánh truy tặng cho Giám mục đề ngày 12 tháng 11 năm Cảnh hưng (8 Décembre 1799) có in dấu « Đại Việt quốc Nguyễn chủ vĩnh trấn chi bửu », hiện còn treo tại Tòa Tổng Giám Mục ở Sài Gòn.

Như vậy, chiếc ấn truyền quốc này đã tồn tại đến vua Gia Long, để sau này nhà vua trao tận tay cho người con kế vị là vua Minh Mạng ; vua này còn tự tay lấy ra xem và cẩn thận phong kín lại vào năm Minh Mạng thứ 18 (Đinh Dậu).