Siêu ma thần Hoopa của Chiếc Nhẫn Ánh Sáng đã giáng lâm xuống Thạch Anh Cao Nguyên, giữa những vòng tròn bay múa trong lòng bàn tay, từng sinh mệnh truyền thuyết đang say ngủ của thế giới Pokémon lần lượt bị đánh thức.
Hai thể siêu cổ đại của vùng Hoenn, Groudon và Kyogre.
Long thần thời không của vùng Sinnoh, Dialga và Palkia.
Rồng chân lý và lý tưởng của vùng Unova, Reshiram và Zekrom.
Sáu con Pokémon truyền thuyết được triệu hồi ra từ sáu vòng tròn vàng trên sáu cánh tay của Hoopa tà ác. Những sinh vật truyền thuyết đột ngột được triệu hồi này lúc bấy giờ đều bị một luồng tà niệm ăn mòn tâm trí. Sức mạnh của siêu ma thần Hoopa vượt xa bọn chúng, giờ đây chúng chẳng qua chỉ là con rối của Hoopa, không còn ý thức của riêng mình.
Đây là lần đầu tiên các Tứ Thiên Vương của Liên minh Thạch Anh chứng kiến sự đáng sợ của siêu ma thần, sáu sinh mệnh truyền thuyết... lại bị đùa giỡn như thế này.
"Trận chiến hủy diệt... đã bắt đầu..." Dưới ánh sáng và bóng tối kinh hoàng, Sakaki lầm bầm tự nói, được cơ giáp Mewtwo bảo vệ nghiêm ngặt. Khoảnh khắc tiếp theo, uy áp kinh hoàng bao trùm toàn bộ Thạch Anh Cao Nguyên.
Cũng chính lúc đó.
Ở Hoenn xuất hiện một người đàn ông cưỡi trên sức mạnh của Groudon bắt đầu thiêu đốt đại dương, muốn làm khô gần như toàn bộ biển cả, khiến diện tích đất liền của thế giới này cũng tăng vọt với tốc độ chóng mặt.
Người đàn ông mặc áo đỏ thể hiện một mặt tàn nhẫn không chút lưu tình. Anh ta vô cùng điềm tĩnh, dẫn dắt quân đoàn thuộc hạ cùng vô số nhà huấn luyện và Pokémon mạnh mẽ giao chiến chém giết.
"Không ngờ Đội Magma của một thế giới khác lại đánh bại Đội Aqua, thật không thể tha thứ. Vậy thì ở thế giới này, ta và Groudon sẽ chứng minh cho người đời thấy, đất liền mới là bến đỗ cuối cùng của thế giới."
Ở một phía khác, một nhân vật đầy tình người đang cưỡi Kyogre đầy nhiệt huyết diễn thuyết trước thuộc hạ trên đại dương. Trong suốt thời gian đó, vô số hòn đảo bị biển cả nuốt chửng, những trận mưa như trút nước càn quét Hoenn. Diện tích đại dương, vốn là nguồn gốc của mọi sự sống, đã được mở rộng đến mức độ vô song.
"Đàn em, tên Xích Diễm Tùng đó đang ở phía bên kia đợi chúng ta!! Tiếp theo đây, không cần ta nói cũng biết phải làm gì rồi chứ!!"
Xích Diễm Tùng và Thủy Ngô Đồng vốn là kẻ thù không đội trời chung. Cả hai đều đến từ những thế giới đã hoàn thành lý tưởng của riêng mình: Thủy Ngô Đồng đến từ một "thời không thành công biến toàn bộ thế giới thành đại dương bằng Kyogre", trong khi Xích Diễm Tùng đến từ một "thời không thành công biến toàn bộ thế giới thành đất liền bằng Groudon". Sau khi được Sakaki mời gia nhập Đội Hỏa tiễn Cầu Vồng, tự nhiên không ai phục ai, họ đang định lấy thời không mới này làm chiến trường mới, tiến hành một trận quyết chiến đỉnh cao để chứng minh quan điểm của đối phương là sai lầm.
Groudon và Kyogre ở thời không này đã bị siêu ma thần Hoopa khống chế, đây cũng là tín hiệu của Sakaki, Pokémon truyền thuyết bản địa của thế giới này sẽ không ảnh hưởng đến bước chân của bọn họ. Cả hai đều đã thành công dùng bảo châu tương ứng dung hợp với bản thân trong thời không của mình để khống chế Groudon và Kyogre, cho nên ở Hoenn ngày nay, bọn họ đại diện cho đại nhiên nhiên.
Sự xuất hiện của Đội Magma và Đội Aqua khiến các nhà huấn luyện hội quán ở khắp nơi lần lượt xuất hành. Cựu Quán quân Đại Ngô và Đương kim Quán quân Mễ Khả Lợi cũng chia thành hai đường, bắt đầu hướng về nơi hai thế lực lớn đóng quân.
Khu vực Sinnoh.
Sau khi thời không song long bị triệu hồi đi, Akagi đứng bình thản vô cùng bên cạnh Dialga và Palkia đến từ một thời không khác.
Hắn đến từ một "thời không thành công tạo ra một thế giới hoàn mỹ không có tâm tồn tại bằng Dialga và Palkia". Ban đầu Akagi cảm thấy mình đã hoàn thành lý tưởng, nhưng hắn lại không ngờ rằng trên đời vẫn còn vô số thời không song song. Sự viếng thăm của Đội Hỏa tiễn Cầu Vồng đã giúp Akagi hiểu rằng hắn không thể dừng bước, nếu không thế giới tốt đẹp do hắn tạo ra sớm muộn gì cũng sẽ bị những kẻ dã tâm kia hủy diệt.
"Hy vọng sẽ không có ai đến cản trở ta," Akagi nhìn xa xăm lên bầu trời.
Mấy người của Đội Hỏa tiễn Cầu Vồng đều có lý tưởng riêng của mình. Lý tưởng của những kẻ dã tâm này phần lớn là đối lập, tự nhiên không thể hòa bình chung sống. Gia nhập Đội Hỏa tiễn Cầu Vồng cũng chỉ vì không muốn tụt lại phía sau đối thủ, ai nấy đều nhòm ngó kỹ thuật của Đội Hỏa tiễn Cầu Vồng và địa vị của Sakaki. Đúng như Sakaki đã nói, hắn không thể áp đảo tất cả mọi người, sự hình thành của Đội Hỏa tiễn Cầu Vồng đại diện cho một cuộc đọ sức tàn khốc hơn.
Ghetsis của vùng Unova lại càng như vậy. Hắn đã thu phục Zekrom và Reshiram ở thế giới nguyên bản, thực lực bùng nổ cực nhanh. Dã tâm lớn nhất khi gia nhập Đội Hỏa tiễn Cầu Vồng chính là muốn thao túng Sakaki để thay thế làm con rối cho mình.
Đối với vùng Unova mới này, Ghetsis rất hài lòng. Nơi này sẽ là điểm khởi đầu để Đội Plasma từng bước thôn tính Đội Hỏa tiễn Cầu Vồng. Tuy nhiên trước đó, cần phải dọn dẹp một số kẻ ngáng đường, như vậy mới có thể chiếm lĩnh vùng Unova này, biến nó thành lãnh địa mới của Đội Plasma. Chỉ có như vậy...
Hắn mới có tư cách để đọ sức với năm người còn lại.
Sakaki, Xích Diễm Tùng, Thủy Ngô Đồng, Akagi, Ghetsis, Flaride, sáu người mỗi người đại diện cho một thế lực, đại diện cho những triết lý khác nhau.
Bọn họ không thể công nhận lẫn nhau, không thể tin tưởng lẫn nhau, cho nên thế giới này sẽ trở thành chiến trường đọ sức của bọn họ.
Mà Liên minh Pokémon của thế giới này, các nhà huấn luyện của thế giới này, rõ ràng không được năm người sau coi vào mắt. Có lẽ liên minh ở thời không của bọn họ quá vô dụng, có lẽ vì sức mạnh của họ hiện tại quá hùng hậu... hoặc có lẽ những trải nghiệm trước kia đã cho họ sự tự tin.
Nhưng đối mặt với những kẻ dã tâm hung ác tàn nhẫn này, Liên minh Pokémon lại không thể ngồi chờ chết. Dù là nhà huấn luyện hội quán, Tứ Thiên Vương hay Quán quân, tất cả đều xuất động, thậm chí một số nhà huấn luyện dân gian cũng lần lượt đứng lên, gia nhập vào đại quân kháng chiến.