Kế hoạch của Ikari Gendo đã thành công, nhưng cũng thất bại. Trong quá trình vận chuyển EVA, sứ đồ xuất hiện đúng như dự đoán. Asuka mạnh mẽ đã lôi kéo Ikari Shinji cùng tiến vào buồng lái của Đơn vị 02, lái Đơn vị 02 tác chiến với sứ đồ.
Tuy nhiên, Đơn vị 02 không được trang bị thiết bị tác chiến dưới nước, thế là nó bị Sứ đồ thứ sáu, một loại sứ đồ có ngoại hình hơi giống cá voi với cái miệng máu đầy răng sắc nhọn nuốt chửng. Sau đó thì nó bị tiêu diệt.
Sứ đồ này cậy vào cái miệng to của mình, ăn đồ mà chẳng thèm nhai, thế nên nó bị Đơn vị 02 nuốt vào trong bụng giết chết. Tuy nhiên, trong quá trình này, thể hiện của Ikari Shinji không được tốt lắm, khiến ấn tượng của Asuka về cậu ta càng kém hơn. Sau khi đánh bại sứ đồ, cô nàng đá thẳng cậu ta ra khỏi buồng lái Đơn vị 02.
Sau khi đá Ikari Shinji ra khỏi buồng lái, Asuka chống nạnh nhìn Ikari Shinji với vẻ kiêu ngạo, lớn tiếng nói: "Ikari Shinji, cậu làm tôi thất vọng quá, với cái bộ dạng này mà cậu còn hạ được Sứ đồ thứ ba ư? Tôi thực sự nghi ngờ có phải những người gửi tin đã nhầm lẫn rồi không. Quả nhiên tiền bối Minh Yên Vi mới là thần tượng của tôi, còn cả tiền bối Diệp Vân nữa."
Nói đến đây, Asuka chợt khựng lại, lộ ra vẻ trầm tư, lẩm bẩm tự nói: "Phải rồi, không biết tiền bối Diệp Vân đã có bạn gái chưa nhỉ? Người như tiền bối Diệp Vân mới là nam tử hán chân chính, nếu có thể trở thành bạn gái của anh ấy... Không được, lát nữa phải đi hỏi mới được."
Tuy câu nói sau của Asuka khá nhỏ, nhưng Ikari Shinji không đứng xa là bao, hơn nữa xung quanh tuy không yên tĩnh tuyệt đối nhưng cũng chẳng có tạp âm nào ngoài tiếng sóng biển, nên cậu ta vẫn nghe rất rõ. Điều này khiến tâm trạng cậu ta lập tức trầm xuống. Đúng lúc này, cậu ta chợt nghĩ đến Ayanami Rei, cô gái "tam vô" (vô khẩu, vô tâm, vô biểu cảm) kia.
Việc Asuka đã coi Diệp Vân là mục tiêu theo đuổi thì Diệp Vân không hề hay biết. Lúc này anh đã lặng lẽ chặn đường Kaji. Với thực lực hiện tại của anh, đối phó với kẻ bình thường như Kaji đơn giản là quá dễ dàng.
Diệp Vân dùng sức mạnh thần thức tạm thời khống chế Kaji, mở chiếc hộp chứa Adam. Sau khi mở hộp, anh dùng ống tiêm rút một ống máu của Adam, rồi dùng dao cắt một mẩu mô nhỏ bỏ vào ống nghiệm khác, sau đó khóa hộp lại và trả lại vào tay Kaji. Toàn bộ quá trình này không quá hai mươi giây, nên khi Diệp Vân cầm thứ mình muốn rời đi, Kaji chỉ cảm thấy choáng váng một chút rồi tiếp tục lên đường.
Không lâu sau khi Kaji rời đi, Diệp Vân bước ra từ bóng tối, trở lại phòng huấn luyện. Máu và mô của Adam đã được anh bảo quản cẩn thận trong không gian lưu trữ. Thứ cần lấy đã có, cũng chính lúc này hệ thống đột nhiên báo cho anh biết, Chủ Thần đã bắt đầu chú ý đến thế giới này. Vì bọn họ đã tiêu diệt không chỉ một sứ đồ, lại thêm cốt truyện đã bước vào giai đoạn giữa, nên nó phải đẩy nhanh tốc độ xâm nhập.
Hệ thống muốn đẩy nhanh tốc độ xâm nhập thế giới này, Diệp Vân không phản đối. Dù việc này sẽ tiêu tốn nhiều năng lượng hơn, nhưng thời gian qua hệ thống đã tích lũy được không ít năng lượng, đã đạt hơn chín mươi phần trăm nên anh không thấy xót xa. Điều anh đau đầu là hệ thống yêu cầu anh cố gắng tạo ra những sự kiện chấn động, phá hoại cốt truyện càng nhiều càng tốt, khiến thế giới vốn đã hỗn loạn này càng trở nên hỗn loạn hơn, và thu hút sự chú ý của Chủ Thần về phía bọn họ nhiều nhất có thể.
Diệp Vân khẽ thở dài trong lòng, thầm nghĩ: "Xem ra phải đẩy nhanh tiến độ thôi, nhưng chuyện này còn phải nghĩ xem nên làm thế nào mới được."
Vốn dĩ Diệp Vân muốn thay đổi cốt truyện từng chút một, lấy lượng biến đổi dẫn đến chất biến, cuối cùng xoay chuyển hoàn toàn cốt truyện. Nhưng giờ xem ra, cách này không ổn, vì hệ thống đã bắt đầu đẩy nhanh bước chân xâm nhập thế giới này. Nếu anh không đẩy nhanh tiến độ để thu hút sự chú ý của nó tới, thì rất có khả năng sẽ bị phát hiện.
"Rốt cuộc mình nên làm thế nào đây?" Diệp Vân ngồi trên chiếc ghế cạnh phòng huấn luyện dùng để nghỉ ngơi, thầm suy tư.
Asuka, Ikari Shinji và mấy nhân vật chính đó tạm thời không thể động vào. Chỉ cần động vào, cốt truyện rất có thể sẽ tạo ra phản ứng dây chuyền, thậm chí có thể kết thúc trực tiếp, như vậy thì được không bù nổi mất.
Ikari Gendo cũng tạm thời không thể động vào, ông ta là nhân vật then chốt của Kế hoạch Bổ hoàn Nhân loại. Nếu ông ta chết, toàn bộ cốt truyện sẽ rối loạn ngay. Kaji thì được, hơn nữa đằng nào ông ta cũng phải chết, cứ để ông ta bị loại trước đi, sau đó tạo áp lực cho Ikari Gendo để đẩy nhanh tốc độ tiêu diệt sứ đồ.
Kế hoạch cứ thế được định đoạt. Diệp Vân đã quyết định xong việc cần làm tiếp theo nên không còn tâm trí chơi đồ hàng với Ikari Gendo và bọn họ nữa. Anh trực tiếp đuổi theo Kaji đang cầm Adam, cướp lấy Adam và đày hắn tới rừng mưa Nam Mỹ. Hắn có sống sót nổi hay không thì chỉ có thể trông vào việc bản thân hắn có lợi hại hay không mà thôi.
Diệp Vân trước tiên cất Adam vừa cướp được vào trong Nhân Chủng Túi, sau đó thản nhiên trở lại phòng huấn luyện, chờ cho đến khi Asuka và những người khác trở về. Điều Diệp Vân không ngờ tới là, vừa bước vào, Asuka đã cực kỳ nhiệt tình với anh, khiến anh có chút không hiểu nổi, dù sao bọn họ cũng chưa từng gặp nhau bao giờ.
Tuy nhiên, Asuka tuy kiêu ngạo, nhưng dù sao cũng chỉ là một cô bé mười bốn mười lăm tuổi, nên chẳng mấy chốc đã bị Diệp Vân và Minh Yên Vi khai thác hết tâm tư. Diệp Vân cũng hiểu rõ đầu đuôi sự việc, nhưng đáng tiếc bây giờ anh cần đẩy nhanh tốc độ, nếu không theo tình hình trước kia, anh cũng rất có hứng thú kết thân với Asuka để từ từ thay đổi cốt truyện.
Không chỉ Asuka, Minh Yên Vi cũng cảm nhận được sự lạnh nhạt của Diệp Vân. Cô biết kế hoạch của Diệp Vân, nên thấy anh hơi lạnh nhạt với Asuka, liền đoán ngay là kế hoạch chắc chắn có thay đổi. Tuy nhiên Diệp Vân không nói, cô cũng không tiện hỏi, hơn nữa cô còn chủ động kết thân với Asuka, dù sao kết thân với Asuka thì chắc chắn không bao giờ sai.
Ở phía bên kia, Ikari Gendo thấy Asuka và những người khác đã trở về nhưng Kaji vẫn chưa tới, điều này khiến ông ta nảy sinh dự cảm bất an. Sau đó, ông ta kiểm tra tung tích của Kaji và xác nhận suy đoán của mình, Kaji đúng là đã xảy ra chuyện.
Ikari Gendo thực ra không mấy quan tâm Kaji có xảy ra chuyện hay không, điều ông ta quan tâm là Adam trong tay Kaji có xảy ra vấn đề gì không. Dù sao đây cũng liên quan đến việc ông ta có thể thành thần hay không, ông ta đã đổ biết bao tâm huyết vào đó, nếu vì chuyện này mà hỏng việc, ông ta thực sự sẽ hộc máu.
Ikari Gendo không cho phép bất kỳ sai sót nào xảy ra, lập tức huy động toàn bộ lực lượng bắt đầu tìm kiếm Adam, thậm chí dùng cả Nagisa Kaworu. Nhưng rất tiếc, cơ thể của Adam đã bị Diệp Vân cất vào Nhân Chủng Túi rồi, nên đừng nói Nagisa Kaworu chỉ là linh hồn chuyển thế của Adam, ngay cả khi Adam đã hoàn toàn thức tỉnh cũng không thể tìm thấy nhục thân Adam đã bị thu giữ.
Kết quả này khiến Ikari Gendo hoảng loạn. Ông ta mất một thời gian dài mới lấy lại được bình tĩnh, và việc đầu tiên ông ta làm sau khi bình tĩnh lại chính là đẩy nhanh việc thực hiện Kế hoạch Bổ hoàn Nhân loại, khiến sứ đồ liên tục xuất hiện, và để Đơn vị 01 thành thần trước.
Muốn Đơn vị 01 thành thần thì bắt buộc phải sở hữu S2 Engine (tức trái cây sự sống). Trong cốt truyện gốc, Đơn vị 01 chính là nhờ nuốt chửng Sứ đồ thứ 14 - Zeruel mà đạt được S2 Engine. Một khi đạt được S2 Engine, Đơn vị 01 có thể thức tỉnh thành thần. Tuy nhiên, trong quá trình thành thần sẽ kích phát Chấn động thứ ba, sau Chấn động thứ ba, trên trái đất sẽ không còn sự sống nào tồn tại nữa.