Đối với sai lầm "tả" khuynh của Lý Lập Tam, Quốc tế Cộng sản vào tháng 7 cho rằng: "Đã phạm phải một phần sai lầm về chiến lược, tổ chức và công tác", "đường lối chính trị" của Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc là chính xác, "được công tác dưới đường lối của Quốc tế".
Quốc tế Cộng sản không cho rằng đó là sai lầm về đường lối.
Chu Ân Lai, Cù Thu Bạch chính là dựa theo tinh thần này mà về nước để sửa chữa sai lầm.
Trực thuộc Quốc tế Cộng sản có một Bộ Phương Đông, dưới bộ chia thành ba bộ cấp hai, tức Bộ Viễn Đông, Bộ Trung Đông, Bộ Cận Đông. Bộ trưởng Bộ Phương Đông trên danh nghĩa là Kuusinen, các phó bộ trưởng có Magyar, Mif, v.v., Mif kiêm nhiệm Bộ trưởng Bộ Viễn Đông, thực tế quản lý đảng Trung Quốc. Chu Ân Lai về nước, đi theo con đường từ Moskva đến Berlin, sau đó ngồi xe lửa quốc tế từ Berlin đi vùng Đông Bắc Trung Quốc để về nước, khi xe lửa đến ga Moskva, Chu Ân Lai cẩn trọng chu đáo, tận dụng thời gian xe lửa dừng lại để liên lạc với Magyar, một lần nữa hỏi ông ta rằng: Các đồng chí Quốc tế còn có ý kiến mới nào nữa không?
Magyar trả lời rằng, không còn nữa, cứ chiếu theo quyết định tháng Bảy của Quốc tế mà sửa đổi là được.
"Hội nghị toàn thể lần thứ ba Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa VI có thể nói là hoàn toàn làm theo quyết định tháng Bảy của Quốc tế, Chu Ân Lai, Cù Thu Bạch v.v... quán triệt rất tốt. Đại diện Cục Viễn Đông của Quốc tế Cộng sản đã viết thư cho Hội nghị toàn thể Trung ương 3, nói rằng: Đọc các bài phát biểu của Cù Thu Bạch, Chu Ân Lai, Lý Lập Tam, Lý Lập Tam "hoàn toàn hiểu một cách chính xác sai lầm của bản thân", "đường lối của Đảng thường phù hợp với đường lối của Quốc tế, chưa từng có hai con đường, chỉ là từng có khuynh hướng không chính xác trên con đường chính xác này mà thôi".
Thế nhưng, đúng lúc cục diện đã xoay chuyển, công tác tiến triển thuận lợi, Quốc tế Cộng sản đọc được bản ghi chép phát biểu ngày 1 tháng 8, ngày 3 tháng 8 của Lý Lập Tam tại Bộ Chính trị, vô cùng tức giận, bèn nâng tính chất sai lầm của Lý Lập Tam lên, gọi đó là "đường lối chủ nghĩa phiêu lưu bán Trotskyism". Quốc tế Cộng sản vào tháng 10 đã đưa ra bức thư chỉ thị gửi Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, nói rằng "vào thời cơ quan trọng nhất của cách mạng Trung Quốc, từng có hai đường lối chính trị căn bản khác nhau về nguyên tắc đối lập lẫn nhau", "đây chính là đường lối của đồng chí Lập Tam, đây chính là đường lối chính trị phản lại Quốc tế".
Như vậy, Hội nghị toàn thể Trung ương 3 liền bị đặt vào vị thế chủ nghĩa điều hòa, Chu Ân Lai, Cù Thu Bạch gánh chịu trách nhiệm trách cứ, đúng thành sai. Lúc Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc chịu áp lực to lớn, Vương Minh tên cơ hội chủ nghĩa, dã tâm gia này đã biết trước tinh thần của Quốc tế Cộng sản so với Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, viết cuốn sách nhỏ "Đấu tranh giữa hai con đường", hình thành tông pái để chống lại Trung ương, khiến trong Đảng cực kỳ hỗn loạn, ở vào tình thế cực kỳ nguy hiểm trong môi trường khủng bố trắng. Mao Trạch Đông sau đó nói rằng: Lúc đó là người lãnh đạo Bộ Phương Đông của Quốc tế Cộng sản hợp tác với Vương Minh, phê phán hai đồng chí lãnh đạo tương đối chính xác của Trung Quốc, nói họ là chủ nghĩa điều hòa đối với phái phiêu lưu Lập Tam, dùng áp lực đè bẹp uy tín của hai người này xuống.
Tình hình chính là như vậy, họ muốn nâng Vương Minh v.v... lên nắm quyền, khiến Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc đặt dưới sự kiểm soát tuyệt đối của Quốc tế Cộng sản. Để cải tổ bộ máy lãnh đạo của đảng Trung Quốc, Ủy viên Đoàn Chủ tịch Quốc tế Cộng sản Manuilsky đề nghị triệu tập Hội nghị toàn thể lần thứ tư Trung ương Đảng khóa VI, đồng thời phái Mif sang Trung Quốc trực tiếp nhúng tay vào công việc nội bộ của đảng Trung Quốc.
Chu Ân Lai, Cù Thu Bạch lúc đầu từng tiến hành biện hộ, giải thích rằng Hội nghị toàn thể Trung ương 3 được triệu tập theo tinh thần của Quốc tế Cộng sản. Sau khi nhìn thấy tình hình đã phát triển đến cục diện đau lòng là Trung ương phá sản, trong Đảng phân liệt, họ xuất phát từ việc chiếu cố đại cục, nhẫn nhục vì Đảng, liền không biện giải nữa, chấp nhận quyết định của Quốc tế, bày tỏ bản thân đã sai thì nên rút khỏi Bộ Chính trị, từ chức vụ trong Trung ương, hy vọng các mặt từng phản đối sai lầm của Lập Tam trước đây đoàn kết lại để thi hành đường lối của Quốc tế. Do công tác của Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc không thể rời khỏi Chu Ân Lai, uy tín của ông trong Đảng khiến họ không tiện gạt bỏ Chu Ân Lai, việc từ chức của ông không được chuẩn y. Chu Ân Lai phục tùng quyết định của tổ chức, tiếp tục công tác. Chu Ân Lai ở trong hoàn cảnh vô cùng đau khổ, xuất phát từ đại cục, nhẫn nhục chịu đựng trọng trách, gìn giữ sự thống nhất và sinh tồn của Đảng.
Ngày 7 tháng 1 năm 1931, dưới sự chủ trì của Mif, Hội nghị toàn thể lần thứ tư Trung ương Đảng khóa VI đã được triệu tập bí mật tại Thượng Hải. Tại hội nghị, Chu Ân Lai, Cù Thu Bạch bị đặt vào ghế "bị cáo", trên thực tế trở thành đối tượng bị phê phán chính. Chu Ân Lai tiếp tục được giữ lại nhậm chức, trên thực tế ở vào tình cảnh lưu chức sát phạt (lưu nhiệm xem xét), cảnh ngộ vô cùng gian nan. Nhưng vì sự thống nhất của Đảng, để mọi người nhận thức tầm quan trọng của việc gột rửa quan niệm bè phái trong đấu tranh nội bộ Đảng, trong bài phát biểu của mình, ông vẫn thẳng thắn chỉ ra rằng, Đảng Cộng sản Trung Quốc đang ở vào thời kỳ khó khăn, hiện nay phải khẩn trương khôi phục và kiện toàn nó, nếu nói "hễ ai trước đây kiên quyết chấp hành đường lối Lập Tam, hoặc là người phụ trách chủ yếu của cơ quan chỉ đạo, chính là phái Lập Tam, coi họ như bè phái, nói họ không thể đào tạo, thì đây vẫn là sự tiếp tục của đường lối Lập Tam, chúng ta cũng kiên quyết phản đối". Ông cố gắng bảo vệ cán bộ, duy trì nguyên khí của Đảng.
Sau Hội nghị toàn thể Trung ương 4, Trung ương Đảng bị Mif và Vương Minh kiểm soát, tiếp theo liền phái "khâm sai đại thần" đến các khu căn cứ, Trung ương phái ra ngoài một người nào đó đều do Mif bố trí. Trong nội bộ Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, Vương Minh áp chế Chu Ân Lai. Chu Ân Lai từng tố cáo với Cục Viễn Đông, nhưng Vương Minh có Bộ Phương Đông của Quốc tế Cộng sản làm hậu thuẫn, lời tố cáo của ông hoàn toàn không có hiệu quả. Chu Ân Lai hết sức giữ vững Ủy ban Quân sự Trung ương, Khoa Đặc biệt và cơ quan giao thông do ông lãnh đạo, không để người của phái Vương Minh nhét vào. Ví dụ Vương Minh từng muốn phái một học sinh Hoàng Phố là Hoàng Đệ Hồng vào công tác ở Ủy ban Quân sự Trung ương, mà người này thực tế ngầm câu kết với Tưởng Giới Thạch từ lâu. Chu Ân Lai thông qua hệ thống tình báo chặn được bức thư trung thành của Hoàng Đệ Hồng gửi Tưởng Giới Thạch, mang cho Vương Minh xem, Vương Minh lúc đó mới không nói được gì.
Ngày 24 tháng 4, người phụ trách Khoa Đặc biệt Trung ương Cố Thuận Chương bị bắt và phản biến ở Hán Khẩu. Đảng viên cộng sản Tiền Tráng Phi thâm nhập vào Khoa Điều tra Bộ Tổ chức Trung ương Quốc Dân Đảng ở Nam Kinh biết tin liền phái người báo cáo Trung ương. Chu Ân Lai dưới sự hỗ trợ của Trần Vân v.v... đã quyết đoán áp dụng các biện pháp khẩn cấp, di dời an toàn toàn bộ các cơ quan của Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, Tỉnh ủy Giang Tô và Cục Viễn Đông Quốc tế Cộng sản, âm mưu một mẻ hốt gọn cơ quan lãnh đạo Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc của Quốc Dân Đảng đã tiêu tan thành mây khói. Tiếp theo, Hướng Trung Phát đang trốn ở nơi ở của Chu Ân Lai, không nghe lời khuyên can của Chu Ân Lai, tự ý ra ngoài, bị Quốc Dân Đảng bắt giữ. Chu Ân Lai đang nghĩ cách cứu viện, thì nhận được tin báo nói Hướng Trung Phát đã phản biến. Chu Ân Lai mạo hiểm đến nơi ở của mình để quan sát tín hiệu liên lạc, phán đoán Hướng Trung Phát đã dẫn người đến khám xét rồi, vội vàng rời đi. Từ đó, Chu Ân Lai khó lòng công tác bí mật ở Thượng Hải được nữa.
Đầu tháng 12 năm 1931, Chu Ân Lai rời Thượng Hải, đi thuyền qua Sán Đầu, Đại Phố của tỉnh Quảng Đốc, chuyển đến Vĩnh Định thuộc Phúc Kiến tiếp tục hải trình, đến cuối tháng thì đến Khu căn cứ cách mạng Trung ương Giang Tây.
Lúc này, Vương Minh đã rời Thượng Hải đi Moskva trước Chu Ân Lai vào tháng 10. Trước khi đi, Vương Minh từng nói với Chu Ân Lai rằng, sau khi đến Xô Viết Trung ương, Mao Trạch Đông chỉ quản công tác chính phủ. Trước khi Chu Ân Lai rời Thượng Hải, người phụ trách Trung ương lâm thời Đảng Cộng sản Trung Quốc Bác Cổ lại nói với Chu Ân Lai rằng, sau khi đến Xô Viết Trung ương, Chu Ân Lai là Bí thư Cục Trung ương khu Xô Viết, Mao Trạch Đông quản chính phủ, Chu Đức quản quân sự. Điều này đều có ý nói, không để Mao Trạch Đông quản quân sự. Sau khi Chu Ân Lai đến Khu Xô Viết Trung ương, đã sửa chữa sai lầm mở rộng túc phản tồn tại ở khu Xô Viết lúc đó. Về mặt quân sự, ngày 9 tháng 1 năm 1932, Trung ương lâm thời Đảng Cộng sản Trung Quốc đã ban hành "Nghị quyết của Trung ương về việc tranh thủ cách mạng thắng lợi trước ở một hoặc vài tỉnh", đề ra khu Xô Viết Trung ương phải "chiếm lấy các thành phố trung tâm như Nam Xương, Phủ Châu, Cát An". Mao Trạch Đông tìm Chu Ân Lai bàn về sự cần thiết phải đánh các cứ điểm ở khu Xô Viết, chứ không nên đánh các thành phố lớn, Chu Ân Lai đã tiếp thu ý kiến của Mao Trạch Đông. Ông điện báo cho Trung ương lâm thời Đảng Cộng sản Trung Quốc, nêu rõ Hồng quân hiện nay đánh thành phố trung tâm gặp khó khăn.
Trung ương lâm thời điện hồi âm nói, ít nhất phải chọn một thành phố giữa Phủ Châu, Cát An, Cương Châu để đánh.
Nhận được điện hồi âm, Chu Ân Lai đành phải triệu tập hội nghị Cục Trung ương khu Xô Viết Đảng Cộng sản Trung Quốc để thảo luận. Hội nghị quyết định đánh Cương Châu. Mao Trạch Đông biểu thị phản đối, nhưng đa số thông qua. Từ ngày 4 tháng 2 đến ngày 7 tháng 3, Hồng quân đánh Cương Châu, đánh lâu không hạ được, trong tình huống quân Quốc Dân Đảng tăng viện ồ ạt, đành phải rút lui.
Từ đó trở đi, Chu Ân Lai bất chấp sự dặn dò của Trung ương lâm thời, vẫn chủ trương Mao Trạch Đông không nên rời khỏi sự lãnh đạo quân sự, hơn nữa răm rắp nghe theo ông. Ngày 30 tháng 3, Mao Trạch Đông dẫn quân hành động của Hồng quân Lộ lượng phía Đông điện báo cho Chu Ân Lai, đề xuất xuống phía nam đánh Chương Châu, Tuyền Châu của Phúc Kiến, mở ra cục diện. Đầu tháng IV, Chu Ân Lai từ Thụy Kim vội vã đến Trường Đinh, triệu tập hội nghị tác chiến. Hội nghị phê chuẩn kế hoạch chiến dịch Long Nham, Chương Châu do Mao Trạch Đông đề xuất. Sau hội nghị, Chu Ân Lai ở lại Trường Đinh, phụ trách điều động binh lực, trù bị lương thảo, bảo đảm nhu cầu tiền tuyến. Ngày 10 tháng 4, Hồng quân công chiếm Long Nham. Ngày 20, công chiếm Chương Châu, tiêu diệt khoảng bốn đoàn quân thủ phòng Trương Trinh của Quốc Dân Đảng, bắt sống 1600 người, thu giữ lượng lớn vật tư.
Chu Ân Lai sau khi đến Khu Xô Viết Trung ương đã không làm việc theo ý đồ của Trung ương lâm thời Đảng Cộng sản Trung Quốc, khiến Trung ương lâm thời cảm thấy vô cùng bất mãn. Ngày 14 tháng 4, Trung ương lâm thời Đảng Cộng sản Trung Quốc ban hành "Thư gửi các bộ đảng các khu Xô Viết về việc phản đối chủ nghĩa đế quốc tấn công Liên Xô chia cắt Trung Quốc", trong thư nêu rõ "nguy hiểm của chủ nghĩa cơ hội hữu khuynh là nguy hiểm chính trước mặt đảng bộ các khu Xô Viết", nhiệm vụ cực kỳ quan trọng hiện nay của khu Xô Viết là "tiến hành tiến công cách mạng kiên quyết" và "đấu tranh kiên quyết vô tình nhất" đối với chủ nghĩa hữu khuynh. Ngày 20 tháng 5, Trung ương lâm thời điểm tên phê phán Chu Ân Lai, nói đồng chí Ngũ Hào sau khi đến khu Xô Viết, tuy "có sự chuyển biến tương đối trong một số công tác", nhưng "chưa củng cố sự lãnh đạo của vô sản", "sự chuyển biến triệt để của mọi công tác đi sâu xuống cơ sở, hoặc là chưa bắt đầu, hoặc là chưa đạt được thành tích cần thiết". Trung ương lâm thời trong thư yêu cầu họ đoạt lấy một hai thành phố trung tâm để phát triển thắng lợi của cách mạng một vài tỉnh.
Đối với việc này, Chu Ân Lai đành phải kiểm điểm, mà trong hành động quân sự vẫn nghe theo ý kiến của Mao Trạch Đông. Từ ngày 21 tháng 7, ông đến tiền tuyến cùng Mao Trạch Đông, Chu Đức, Vương Giá Thường hành động theo Hồng quân. Ông và Chu Đức, Vương Giá Thường không tán thành đề nghị của Cục Trung ương muốn Chu Ân Lai kiêm nhiệm chức Tổng chính ủy Hồng diện quân thứ nhất, kiến nghị lấy Mao Trạch Đông làm Tổng chính ủy. Ông cùng Mao Trạch Đông, Chu Đức, Vương Giá Thường phản đối ý kiến của Cục Trung ương ở hậu phương muốn Hồng quân đánh thành Vĩnh Phong, chủ trương bộ đội tranh thủ quần chúng ở vùng Nghi Hoàng, Nhạc An, Nam Phong, phát triển khu Xô Viết, bố trí chiến trường, tạo ra điều kiện có lợi hơn cho trận quyết chiến với kẻ địch. Cuộc tranh luận này phát triển thành Hội nghị Ninh Đô nổi tiếng trong lịch sử.
Đầu tháng 10, triệu tập Hội nghị Ninh Đô. Tại hội nghị, các thành viên lãnh đạo ở hậu phương của Cục Trung ương khu Xô Viết Đảng Cộng sản Trung Quốc mang chiêu bài chỉ thị của Trung ương lâm thời, phê phán "các đồng chí ở tiền tuyến biểu hiện đánh giá không đủ về thắng lợi cách mạng và lực lượng Hồng quân, đưa ra chủ trương lấy chuẩn bị làm trung tâm". Nhấn mạnh "phải đả kích kịp thời và vô tình" cái "nguy hiểm chính hữu khuynh chuyên đi chờ đợi địch tấn công" này. Chu Ân Lai v.v... đều chịu sự phê phán. Đối tượng tập trung chịu phê phán là Mao Trạch Đông. Họ còn đề xuất triệu hồi Mao Trạch Đông về hậu phương, chuyên phụ trách công việc của chính phủ trung ương, để Chu Ân Lai gánh vác tổng trách lãnh đạo chiến tranh. Chu Ân Lai trong bài phát biểu đã kiểm điểm các đồng chí ở tiền tuyến "quả thực có quan niệm lấy chuẩn bị làm trung tâm", khẳng định "các đồng chí Cục Trung ương hậu phương tập trung hỏa lực phản đối khuynh hướng chờ đợi là đúng"; đồng thời ông bảo vệ Mao Trạch Đông. Ông đề xuất: "Kinh nghiệm nhiều năm của Trạch Đông thiên về tác chiến, hứng thú của ông cũng ở việc chủ trì chiến tranh", ông "nếu ở tiền tuyến thì có thể thu hút ông cống hiến không ít ý kiến, có ích cho chiến tranh". Chu Ân Lai kiên quyết giữ Mao Trạch Đông ở lại làm việc trong Hồng quân, vì thế đưa ra hai phương án giải quyết, "một phương án là do tôi gánh vác toàn trách chủ trì chiến tranh, Trạch Đông vẫn ở tiền tuyến trợ lý, phương án thứ hai là Trạch Đông gánh vác toàn trách chỉ huy chiến tranh, tôi gánh vác giám sát việc thực hiện phương châm hành động". Cả hai phương án này đều giống với tình hình ban đầu, bởi vì Chu Ân Lai vốn dĩ với tư cách là Bí thư Cục Trung ương khu Xô Viết Đảng Cộng sản Trung Quốc đi theo quân hành động, có quyền quyết định đối với phương châm hành động quân sự. Đa số người tham gia hội nghị cho rằng Mao Trạch Đông "thừa nhận và hiểu biết sai lầm chưa đủ, nếu ông chủ trì chiến tranh, rất dễ phát sinh sai lầm về phương châm chính trị và hành động". Bản thân Mao Trạch Đông cho rằng một khi không thể giành được sự tín nhiệm của Cục Trung ương thì không tán thành phương án thứ hai. Kết quả là hội nghị thông qua phương án thứ nhất, đồng thời chuẩn y Mao Trạch Đông tạm thời xin nghỉ bệnh. Như vậy, ý đồ không để Mao Trạch Đông quản quân sự của Trung ương lâm thời Đảng Cộng sản Trung Quốc lúc này cuối cùng cũng thực hiện được.
Chu Ân Lai và Chu Đức tiếp tục lãnh đạo Hồng diện quân thứ nhất tác chiến ở tiền tuyến. Cuối năm 1932, quân Quốc Dân Đảng tổ chức "càn quét" quy mô lớn lần thứ tư đối với khu Xô Viết Trung ương và Hồng diện quân thứ nhất. Quân "càn quét" chia thành ba đường tả, trung, hữu, trong đó quân đường giữa do mười hai sư dòng chính của Tưởng Giới Thạch tổ chức đảm nhiệm nhiệm vụ chủ công, khoảng 16 vạn người, Trần Thành làm tổng chỉ huy. Hồng diện quân thứ nhất quản hạt quân đoàn thứ nhất, thứ ba, thứ sáu và các quân đoàn thứ mười một, thứ mười hai, thứ hai mươi mốt, thứ hai mươi hai, tổng binh lực khoảng 7 vạn người. Hồng quân áp dụng phương châm tập trung binh lực, đánh vào trung lộ của địch, trải qua hai trận Hoàng Pha, Thảo Đài Cương, tiêu diệt gần ba sư lực lượng dòng chính của Tưởng Giới Thạch, bắt sống 1 vạn quân địch, đập tan thắng lợi cuộc "càn quét". Hơn nữa còn sáng tạo ra gương mẫu huy hoàng chưa từng có trong lịch sử chiến tranh của Hồng quân là dùng đại binh đoàn phục kích tiêu diệt địch.
Tháng 1 năm 1933, Trung ương lâm thời Đảng Cộng sản Trung Quốc dời vào khu Xô Viết Trung ương. Từ đó, Trung ương lâm thời trực tiếp lãnh đạo công tác của khu Xô Viết Trung ương. Tháng 9, cố vấn quân sự phái trú Trung Quốc của Quốc tế Cộng sản Lý Đức (tên cũ Otto Braun, người Đức) từ Thượng Hải đến khu Xô Viết Trung ương. Giai đoạn đầu cuộc phản "càn quét" lần thứ năm, Chu Ân Lai từng tiến hành nhiều lần tranh luận với Bác Cổ, Lý Đức v.v... về vấn đề phương châm tác chiến và bố trí chiến dịch, chọc giận Bác Cổ, Lý Đức. Ngày 20 tháng 11, Trần Minh Thù, Tưởng Quang Tụng, Thái Đình Khải, Lý Tế Thâm v.v... phát động Sự biến Phúc Kiến, chống lại Tưởng Giới Thạch, Tưởng Giới Thạch điều quân "càn quét" vào Phúc Kiến để đối phó với họ. Ngày 13 tháng 12, Chu Ân Lai và Chu Đức điện báo Ủy ban Quân sự Cách mạng Trung ương đề nghị điều chủ lực Hồng quân vào Phúc Kiến quyết chiến với chủ lực Quốc Dân Đảng. Lý Đức v.v... không đồng ý Hồng quân phối hợp với quân đội Lộ quân thập cửu tác chiến. Trái lại còn đưa chủ lực Hồng quân tấn công tuyến pháo đài do quân Quốc Dân Đảng xây dựng. Ngày 20, Lý Đức lấy danh nghĩa thống nhất chỉ huy tiền hậu phương, điều Chu Ân Lai, Chu Đức về hậu phương, bãi bỏ "Bộ tư lệnh tiền phương", sáp nhập vào cơ quan Ủy ban Quân sự Cách mạng Trung ương. Chu Ân Lai, Chu Đức mất đi quyền chỉ huy quân sự. Hồng quân trên thực tế do Bác Cổ, Lý Đức chỉ huy. Chu Ân Lai từng nói sau khi mình đến hậu phương, "Lý Đức trở thành tổng tư lệnh, tôi còn không bằng tham mưu trưởng, chỉ là một trưởng phòng tham mưu mà thôi". Sau chiến dịch Quảng Xương, thành lập Bộ ba gồm Bác Cổ, Lý Đức, Chu Ân Lai chủ yếu quản lý quân sự, mà cũng chỉ có hình thức, thực tế là chính trị do Bác Cổ quyết định, quân sự do Lý Đức quyết định, Chu Ân Lai chỉ phụ trách đốc thúc thực hiện kế hoạch quân sự. Kết quả do sai lầm "tả" khuynh trong cuộc phản "càn quét" lần thứ năm gây ra chính là mất đi khu căn cứ cách mạng, Hồng quân buộc phải tiến hành Vạn lý Trường chinh.
Khi Hồng quân Trung ương bắt đầu Trường chinh, có tổng cộng hơn 8 vạn người, đến khi phá vỡ bốn tuyến phong tỏa của quân Quốc Dân Đảng, vượt sông Tương Giang, thì chỉ còn lại khoảng hơn 3 vạn người. Đường lối quân sự sai lầm của Lý Đức có lợi cho việc chặn đánh của Tưởng Giới Thạch, tổn thất của Hồng quân không nhỏ. Mưu đồ tiêu diệt Hồng quân ở bờ đông sông Tương Giang của Tưởng Giới Thạch không thành, liền tập trung hơn chục vạn binh lực trên con đường đi về phía tây bắc Tương Tây theo kế hoạch ban đầu của Hồng quân, giăng ra một cái bẫy, mà lúc này Bác Cổ, Lý Đức vẫn ra lệnh cho Hồng quân đi Tương Tây hội hợp với quân đoàn 2, 6 theo kế hoạch ban đầu. Vào thời khắc nguy cấp này, Mao Trạch Đông kiên quyết chủ trương từ bỏ kế hoạch ban đầu, đổi sang tiến về Quý Châu nơi binh lực của địch tương đối yếu, thế là có Hội nghị Thông Đạo.
Ngày 12 tháng 12 năm 1934, Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc tạm thời triệu tập một hội nghị khẩn cấp ở Thông Đạo, có Mao Trạch Đông, Trương Văn Thiên, Vương Giá Thường, Chu Ân Lai, Lý Đức v.v... tham gia. Chủ trương của Mao Trạch Đông được Trương Văn Thiên, Vương Giá Thường, Chu Ân Lai ủng hộ. Nhưng sau hội nghị Bác Cổ, Lý Đức vẫn kiên trì kế hoạch ban đầu tiến quân. Ngày 18, Hồng quân đến Lê Bình, Bộ Chính trị Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc đã triệu tập Hội nghị Lê Bình nổi tiếng. Hội nghị qua tranh luận kịch liệt, phủ định chủ trương của Bác Cổ, Lý Đức, thông qua ý kiến của Mao Trạch Đông, quyết định Hồng quân Trung ương không đi Tương Tây. Nghị quyết của hội nghị lần này là sự khởi đầu của sự chuyển biến chiến lược của Hồng quân, là sự phủ định của Bộ Chính trị Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc đối với những sai lầm mà Bác Cổ, Lý Đức phạm phải trên đường Trường chinh, là bước đi đầu tiên khiến Đảng Cộng sản Trung Quốc và Hồng quân chuyển nguy thành an. Chu Ân Lai là người chủ trì hội nghị, đã có cống hiến quan trọng. Sau hội nghị, quyền chỉ huy Hồng quân của Lý Đức bị tước đoạt.
Tháng 1 năm 1935, Bộ Chính trị Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc triệu tập hội nghị mở rộng tại Tuân Nghĩa. Hội nghị thanh toán những sai lầm trong chỉ huy quân sự của đường lối "tả" khuynh của Vương Minh trong cuộc phản "càn quét" lần thứ năm và đột phá tây chinh. Tại hội nghị, Chu Ân Lai và đại đa số người tham dự đều đồng ý với chủ trương chính xác của Mao Trạch Đông, hội nghị làm rõ đúng sai về chiến lược chiến thuật của Hồng quân, chỉ ra những sai lầm trong chỉ huy quân sự của Bác Cổ, Lý Đức, quyết định bầu bổ sung Mao Trạch Đông làm Ủy viên Thường vụ Bộ Chính trị Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, về quân sự do Chu Đức, Chu Ân Lai chỉ huy, "mà đồng chí Ân Lai là người phụ trách được trong Đảng ủy thác quyết định cuối cùng về việc chỉ huy quân sự". Sau hội nghị, phân công Thường vụ Trung ương, quyết định Mao Trạch Đông là người trợ giúp chỉ huy quân sự cho Chu Ân Lai.
Hội nghị Tuân Nghĩa trên thực tế xác lập địa vị lãnh đạo của Mao Trạch Đông trong Hồng quân và Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc. Sau Hội nghị Tuân Nghĩa, Hồng quân bốn lần vượt sông Xích Thủy. Trước khi vượt sông Ô Giang, Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc quyết định thành lập Bộ ba gồm Chu Ân Lai, Mao Trạch Đông, Vương Giá Thường để chỉ huy quân sự. Tiếp theo, Hồng quân vượt nam Ô Giang, lại khéo léo vượt Kim Sa Giang, cuối cùng thoát khỏi sự vây đuổi chặn đánh của hàng chục vạn quân địch, giành được thắng lợi quyết định của sự chuyển dịch chiến lược, đồng thời đặt nền móng cho thắng lợi của Trường chinh.
Hồng quân Trung Quốc trong quá trình Trường chinh đã xảy ra hai sự kiện lớn, một sự kiện là triệu tập Hội nghị Tuân Nghĩa, một sự kiện rõ ràng là cuộc tranh cãi bắc thượng và nam hạ giữa Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc và Trương Quốc Đào.
Ngày 12 tháng 6 năm 1935, bộ đội tiên phong Hồng diện quân thứ nhất quân đoàn thứ nhất sư đoàn thứ hai trung đoàn thứ tư, giữa Giáp Kim Sơn và Đạt Vi đã hội sư thắng lợi với sư đoàn thứ chín quân đoàn thứ tư sư đoàn thứ hai trung đoàn thứ sáu của Hồng tứ phương diện quân. Lúc này, phía nam là bộ đội Tiết Nhạc phe Tưởng đuổi sát phía sau; phía đông là vô số bộ đội địa phương Tứ Xuyên, các phe phái hỗn tạp, nhưng coi Hồng quân là kẻ địch thì nhất trí; phía bắc là bộ đội Hồ Tông Nam trú thủ Tùng Phàn v.v... ngăn chặn, nhưng binh lực chưa tập kết, phía tây là vùng núi cao hiếm bóng người. Sau khi Hồng quân hội hợp, binh lực hơn 10 vạn, bước tiếp theo đi về đâu là vấn đề then chốt. Ngày 26 tháng 6, Bộ Chính trị Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc triệu tập hội nghị tại Lưỡng Hà Khẩu, Chu Ân Lai đọc báo cáo "Phương châm chiến lược hiện nay" tại hội nghị. Ông trình bày những lý do bất lợi cho việc Hồng quân ở lại lâu dài ở vùng Tùng Phàn, Lý Huyện, Mậu Châu, buộc phải bắc thượng đến Xuyên Thiểm Cam để thiết lập căn cứ, đồng thời chỉ ra hướng nam là không thể, địch đã chiếm khu vực phía nam Giáp Kim Sơn, hướng đông cũng không thể, địch đã tập kết 130 đoàn binh lực ở phía đông; hướng tây điều kiện càng khó khăn hơn, chỉ có bắc thượng mới là lối thoát. Tất cả các nhà lãnh đạo Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, bao gồm cả Trương Quốc Đào, đều đồng ý với ý kiến này. Thế nhưng sau hội nghị, Trương Quốc Đào lấy đủ mọi lý do, trì hoãn việc bắc thượng. Bắt đầu từ đầu tháng 8, Chu Ân Lai lao tâm lao lực mà ngã bệnh. Ngày 20, Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc triệu tập hội nghị ở Mao Nhi Cái, do Mao Trạch Đông đọc báo cáo, báo cáo vẫn kiên trì phương châm bắc thượng, chủ lực Hồng quân phải tiến ra lưu vực sông Thao, giành lấy vùng đất đai rộng lớn Cam Thiểm. Sau việc này, Trương Quốc Đào phát triển đến mức mưu toan làm hại Trung ương, Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc quyết định dẫn quân Hồng 1, Hồng 3 lập tức bắc thượng. Đến Hà Đạt Phô, Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc biết tin miền bắc Thiểm Tây có Hồng quân do Lưu Chí Đan, Từ Hải Đông lãnh đạo, có khu căn cứ cách mạng tồn tại, quyết định dẫn Hồng quân cắm rễ ở miền bắc Thiểm Tây.
Thực tiễn chứng minh, bắc thượng là chính xác. Quân Hồng 1, 3 đến miền bắc Thiểm Tây, sau khi hội hợp với Hồng quân địa phương, đã tiến hành đông chinh và tây chinh. Từ tháng 10 năm 1935 đến tháng 7 năm 1936, trong 10 tháng này, Hồng quân đã mở rộng 130%, thu giữ hơn 7000 khẩu súng, trù bị được hơn 40 vạn đồng kinh phí kháng Nhật, hạ liền 7 thành huyện, mở rộng khu Xô Viết hơn 90 vạn km. Diện tích khu căn cứ cách mạng mở rộng đến chiều dài đông tây hơn 1200 lý, bắc nam 600 lý, phía nam đến huyện Diệu Thiểm Tây, tây nam đến Kính Xuyên, Trường Vũ, phía tây đến Khánh Dương Cam Túc, tây bắc đến Tĩnh Biên, phía đông đến Hoàng Khởi, bắc qua Vạn lý trường thành để liên lạc với tộc Mông Cổ, du kích đội miền nam Thiểm Tây cũng vô cùng hoạt động.
Ngày 3 tháng 11 năm 1935, Hội nghị Thường vụ Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc triệu tập tại Hạ Tự Lam Hà Vịnh huyện Cam Tuyền Thiểm Tây, nghiên cứu vấn đề phân công Thường vụ. Trương Văn Thiên chủ trương mặt quân sự do Mao Trạch Đông phụ trách, Chu Ân Lai chỉ phụ trách Cục Tổ chức chứ không quản quân sự. Lần này, chính Mao Trạch Đông đã giữ Chu Ân Lai tiếp tục làm công tác quân sự. Mao Trạch Đông đề xuất, chức Chủ tịch Ủy ban Quân sự do Chu Ân Lai đảm nhiệm, bản thân ông có thể làm phó. Chu Ân Lai nói, bản thân mình sẵn sàng làm công tác quân sự, nhưng lãnh đạo quân sự nên lấy Mao Trạch Đông làm chính. Mao Trạch Đông lại nói, về mặt lãnh đạo quân sự, chỉ huy quân sự, Ân Lai đều khá thông thạo. Hội nghị quyết định: Thành lập Ủy ban Quân sự Cách mạng Tây Bắc, Mao Trạch Đông làm Chủ tịch, Chu Ân Lai, Bành Đức Hoài làm Phó Chủ tịch, Chu Ân Lai còn phụ trách công tác của Cục Tổ chức.
Từ đó, Chu Ân Lai lâu dài đảm nhiệm chức Phó Chủ tịch Ủy ban Quân sự, cùng Chủ tịch Ủy ban Quân sự Mao Trạch Đông, trong mấy chục năm qua luôn hợp tác thân thiết trên lĩnh vực quân sự.