Trong cuốn sách "Trung Quốc qua cái nhìn của Snow" có viết: "Lịch sử năm 1949 đã chứng minh đầy đủ rằng chiến lược của Chu Ân Lai và Mao Trạch Đông là chính xác. …… Trước Tử Cấm Thành ở Bắc Kinh, ông đứng bên cạnh Mao Trạch Đông và Chu Đức, hàng triệu khuôn mặt tươi cười đang hoan hô Chu Ân Lai — một trong ba trụ cột của nước cộng hòa, kiến trúc sư của triều đại mới."

Ngày 16 tháng 11 năm 1946, ba ngày trước khi trở về Diên An, Chu Ân Lai tuyên bố với các phóng viên trong và ngoài nước rằng: Nếu quân đội Quốc Dân Đảng tấn công Diên An, ĐCSTQ sẽ buộc phải đánh ra khỏi khu biên giới, đó sẽ là cục diện biến động toàn quốc. ĐCSTQ chỉ cần bám sát nhân dân, phục vụ nhân dân, nhất định sẽ thành công. ĐCSTQ "sẵn sàng cùng nhân dân Trung Quốc và tất cả các đảng phái thực sự nỗ lực vì dân chủ, chiến đấu đến cùng vì hòa bình thực sự, dân chủ thực sự." Ngày hôm sau, trong bức thư gửi Quách Mạt Nhược, Vu Lập Quần, ông nói: "Từ nay phải nhìn vào tiền tuyến, ngắn thì nửa năm, dài thì một năm, nhất định sẽ phân định rõ ràng".

Sau khi trở về Diên An, ngày 17 tháng 12, trong bức thư gửi Tống Khánh Linh ở Thượng Hải, ông đã dự đoán thắng lợi và tương lai từ sự mạnh yếu chuyển hóa lẫn nhau. Ông nói: "Nếu nội chiến tiếp tục diễn ra, vũ lực của Tưởng Giới Thạch sau khi tiêu hao thêm từ nửa năm đến một năm, vũ lực của nhân dân khu giải phóng sẽ có khả năng dần dần ở vào vị thế cân bằng với vũ lực của Tưởng Giới Thạch. Đến lúc đó, chúng ta sẽ thấy trong khu vực thống trị của Tưởng Giới Thạch, phong trào dân chủ yêu nước càng phát triển thêm, khủng hoảng kinh tế và tài chính càng nghiêm trọng hơn, phong trào kháng chiến vũ trang của nhân dân cũng sẽ càng mở rộng ở nhiều khu vực, cộng thêm cục diện quốc tế có lợi nói trên — cao trào dân chủ mới sẽ không thể tránh khỏi mà đến." "Tương lai quang minh thắng lợi nhất định sẽ đến." Ngày 31, ông lại viết thư cho Quách Mạt Nhược rằng, "Tình hình trong nước và quốc tế đang tiến triển theo hướng cô lập kẻ phản động độc tài đó, …… về phía chúng ta, thêm một năm rưỡi nữa, anh có thể thấy sự nhảy vọt từ lượng đổi sang chất."

Sự phát triển của lịch sử đã chứng minh những dự đoán mang tính chiến lược này của Chu Ân Lai là vô cùng chính xác. Tháng 12 năm 1947, Mao Trạch Đông tuyên bố: "Chiến tranh cách mạng của nhân dân Trung Quốc, hiện nay đã đạt tới một bước ngoặt."

Sau khi Chu Ân Lai trở về Diên An, với tư cách là Phó Chủ tịch Ủy ban Quân sự Trung ương ĐCSTQ, năm 1947 lại kiêm quyền Tổng tham mưu trưởng, đã phò trợ Mao Trạch Đông vạch kế hoạch và chỉ huy cuộc chiến tranh cách mạng kéo dài 4 năm, từ phía đông là bán đảo Giao Đông, phía tây đến Nam Bắc Thiên Sơn, từ Trường Xuân ở Đông Bắc đến Quảng Đông bên bờ biển Nam Hải, cách nhau vạn dặm, giành được thắng lợi làm chấn động thế giới. Ngày 27 tháng 2 năm 1950, Mao Trạch Đông từng hồi tưởng lại rằng, "Sau khi Hồ Tông Nam tấn công Diên An, ở Thiểm Bắc, tôi cùng đồng chí Chu Ân Lai, Nhậm Bật Thời đã chỉ huy cuộc Chiến tranh Giải phóng toàn quốc trong hai hang đất."

Đêm ngày 30 tháng 6 năm 1947, Quân giải phóng nhân dân vượt sông Hoàng Hà hiểm trở để tiến xuống phía nam. Đây là cuộc tiến công chiến lược lần thứ nhất trong vòng 20 năm của quân đội cách mạng nhân dân Trung Quốc nhằm vào phe phản động Quốc Dân Đảng. Phương án tác chiến này là do Chu Ân Lai đề xuất.

Tháng 6 năm 1946, Tưởng Giới Thạch phát động nội chiến toàn diện đã là điều không thể tránh khỏi, hòa bình không còn hy vọng. Giữa tháng này, Chu Ân Lai và một số nhân sĩ yêu nước thân thiết bàn bạc về thái độ quân sự trong nước xong, ngày 18, ông gửi điện về Trung ương ĐCSTQ đề xuất: "Nếu chúng ta dùng hai đại quân Nam tiến, một nhánh cắm vào phía đông tuyến Tân Phổ, một nhánh cắm vào phía tây tuyến, tiến thẳng đến bờ sông, cục diện Kinh Hồ ắt sẽ đại loạn."

Đây là lần đầu tiên đề xuất chiến lược đại quân Nam tiến, đột phá Trung Nguyên. Ý kiến này được Trung ương coi trọng và tiếp nhận, tiếp theo là vấn đề làm tốt công tác chuẩn bị và khi nào thực hiện. Nửa cuối tháng 6, mặc dù Tưởng Giới Thạch đã phát động nội chiến toàn diện, nhưng các nhân sĩ tầng lớp trung gian rộng rãi vẫn tồn tại ảo tưởng về hòa bình, Chu Ân Lai buộc phải vạch trần triệt để bộ mặt thật không cần hòa bình, kiên trì nội chiến của Tưởng Giới Thạch. Đến ngày 11 tháng 10, quân Quốc Dân Đảng chiếm đóng Trương Gia Khẩu - thành phố lớn của khu giải phóng, đàm phán hòa bình đã phá vỡ, mà các nhân sĩ phe thứ ba vẫn sợ sự đổ vỡ; Quốc Dân Đảng đề ra việc nhanh chóng triệu tập "Quốc đại", ĐCSTQ thì phải tranh thủ đại đa số nhân sĩ phe thứ hai không tham gia "Quốc đại" để cô lập Tưởng Giới Thạch. Trong tình hình như vậy, ngày 15 tháng 10, Chu Ân Lai gửi điện tín cho Trung ương ĐCSTQ đề xuất: "Về chiến lược quân sự nên phối hợp với chính trị". Ông chủ trương "trước và sau 'Quốc đại', hãy chưa thích hợp đánh ra ngoài, chủ yếu vẫn tác chiến trong khu giải phóng, dễ tiêu diệt địch".

Từ ngày 19 tháng 3 năm 1947, Mao Trạch Đông, Chu Ân Lai, Nhậm Bật Thời,... dẫn dắt cơ quan Trung ương ĐCSTQ và Quân ủy Trung ương rút khỏi Diên An chuyển chiến sang Thiểm Bắc, đồng thời chỉ huy chiến tranh ở các chiến trường trên toàn quốc. Ngày 27 tháng 4, Quân ủy Trung ương ĐCSTQ gửi điện báo cho Lưu Bác Thừa, Đặng Tiểu Bình, các đồng chí nên chuẩn bị đầy đủ tàu thuyền và các sự hạng cần thiết khác ở cả hai đoạn đông tây sông Hoàng Hà, để có thể tùy lúc tiến hành hành động vượt sông từ phía đông hoặc phía tây. Ngày 3 tháng 5, Trung ương ĐCSTQ gửi điện báo cho Lưu Bác Thừa, Đặng Tiểu Bình, Trần Nghị, Túc Dụ...: Nhiệm vụ của hai quân Lưu - Đặng, Trần - Túc là hiệp lực đánh tan hệ thống Cố Chúc Đồng của quân Tưởng nằm ở phía bắc sông Trường Giang, phía nam sông Hoàng Hà, quân Lưu - Đặng 10 vạn người lập tức bắt đầu chỉnh đốn, sau ngày 1 tháng 6 qua Ký Lỗ Dự xuất kích Trung Nguyên, lấy khu biên giới Dự Hoàn Tô và khu biên giới Ký Lỗ Dự làm căn cứ địa, lấy khu vực phía bắc sông Trường Giang, phía nam sông Hoàng Hà, phía đông đường Đồng Quan - Nam Dương, phía tây tuyến đường Tân Phổ làm khu vực cơ động, hoặc đánh Trịnh Châu, Hán Khẩu, hoặc đánh Biện Lương, Từ Châu, hoặc đánh núi Phục Ngưu, hoặc đánh Đại Biệt Sơn, đều có thể tùy thời mà làm, cơ động qua lại, quân Trần - Túc chịu sự chỉ huy của Lưu - Đặng. Đêm ngày 30 tháng 6, bốn cột dọc của đại quân Lưu - Đặng với khoảng 13 vạn người vượt sông Hoàng Hà tiến xuống phía nam, mở màn cho cuộc tiến công chiến lược.

Trong quá trình chuyển chiến Thiểm Bắc, năm ngày sau khi Quân giải phóng nhân dân Tây Bắc giành được thắng lợi trong chiến dịch Bàn Long, Chu Ân Lai đã soạn thảo bản điện tín cho Quân ủy Trung ương ĐCSTQ gửi Lưu Bác Thừa, Đặng Tiểu Bình và thông báo cho Trần Nghị, Túc Dụ, nội dung là: "Toàn Đảng toàn quân trước hết phải hướng về khu vực cai trị của Tưởng, đưa chiến tranh ra vùng hậu phương của địch ở xa hơn nữa."

Ngày 21 tháng 7 năm 1947, Chu Ân Lai tổng kết chiến tích năm đầu tiên của chiến tranh giải phóng (tháng 7 năm 1946 đến tháng 6 năm 1947) tại hội nghị mở rộng Tiền ủy Trung ương ĐCSTQ. Ông chỉ rõ: Trong một năm, tiêu diệt 112 vạn địch, quân Quốc Dân Đảng xét về mặt biên chế, nhân viên, vũ khí đều tổn thất khoảng 1/3. Từ tháng 3 đến tháng 6 năm 1947, khí thế tấn công của kẻ địch đã rơi vào đường cùng, trừ Sơn Đông, Thiểm Bắc ra, phía chúng ta đều đã chuyển sang phản công. Dự kiến năm thứ hai của chiến tranh, Quân giải phóng không chỉ về chất lượng mà cả về số lượng cũng sẽ vượt qua kẻ địch, sự phát triển sau này nhất định phải tìm kiếm ở tác chiến tuyến ngoài. Tháng 8 năm này, dưới sự lãnh đạo trực tiếp của ông, bản tổng kết năm đầu tiên của chiến tranh đã được viết ra, cung cấp căn cứ để vạch ra phương châm chiến lược cho năm thứ hai. Ngày 28 tháng 9, ông có bài phát biểu tại Thần Tuyền Bảo, huyện Giả (nay là huyện Giai), Thiểm Bắc, trình bày khẩu hiệu của năm thứ hai chiến tranh là: "Tổng phản công toàn quốc, đánh đổ Tưởng Giới Thạch". "Phương châm của chúng ta là: Đánh vào khu cai trị của Tưởng, phát triển khu giải phóng, tiêu diệt quân đội của Tưởng Giới Thạch ở khu cai trị của Tưởng. Phương châm này phải được thực hiện trong khoảng từ một năm đến hai năm tới." Còn về việc đánh đổ Tưởng Giới Thạch, "phải đến năm thứ ba, có thể là năm thứ tư".

Khoảng tháng 6, tháng 7 năm 1948, chủ lực Dã chiến quân Hoa Đông dưới sự phối hợp của một phần Dã chiến quân Trung Nguyên đã tiến hành chiến dịch Dự Đông, tiêu diệt hơn 9 vạn tên địch. Ngày 11 tháng 7, Chu Ân Lai trong bức điện mừng soạn thảo cho Trung ương ĐCSTQ, đã viết một câu thế này: "Thắng lợi huy hoàng này, chính là giáng một đòn chí mạng vào lời nói ăn cắp 'tiễu trừ Trung Nguyên' của Tưởng Giới Thạch; đồng thời, cũng chính là làm cho quân đội chúng ta bước vào năm thứ ba của cuộc Chiến tranh Giải phóng nhân dân Trung Quốc một cách có lợi hơn."

Điều này báo trước chiến tranh trong năm mới sẽ xảy ra những biến đổi to lớn.

Tháng 9 năm 1948, dưới sự chủ trì của Chu Ân Lai, Bộ Tổng tham mưu đã viết ra bản tổng kết năm thứ hai của chiến tranh, làm căn cứ để quyết định phương châm chiến lược năm thứ ba của chiến tranh. Ông báo cáo tại hội nghị Bộ Chính trị Trung ương ĐCSTQ rằng: Sau khi chiến tranh bước sang năm thứ ba, "trọng tâm" tác chiến toàn quốc nằm ở Trung Nguyên, "tiêu điểm tuyến bắc nằm ở đường Bắc Ninh", "nên chuẩn bị một số trận đại hội chiến mang tính quyết định". Nếu trong năm thứ ba và thứ tư của chiến tranh, trên chiến trường "giáng cho kẻ địch những đòn đả kích rất nghiêm trọng, cộng thêm tài chính kinh tế của phe địch sụp đổ, nội bộ tranh giành lẫn nhau, thì thắng lợi có thể đến nhanh hơn, chúng ta nên có sự chuẩn bị này".

Tháng này, Dã chiến quân Hoa Đông giành được thắng lợi giải phóng Tế Nam, tiêu diệt 10 vạn tên địch. Chu Ân Lai chỉ rõ trong bức điện mừng soạn thảo cho Trung ương ĐCSTQ: Thắng lợi này "chứng minh năng lực đột phá công kiên của Quân giải phóng đã được nâng cao đại phu". Ông cho rằng, chiến dịch Tế Nam là sự khởi đầu của ba chiến dịch lớn, biểu hiện chủ yếu của giai đoạn quyết chiến chính là ba chiến dịch lớn, còn khúc dạo đầu của ba chiến dịch lớn chính là chiến dịch Tế Nam.

Đối với ba chiến dịch lớn Liêu Thê, Hoài Hải, Bình Tân, Chu Ân Lai trực tiếp soạn thảo rất nhiều bức điện, đối với các vấn đề như bố tríinh lực, chỉ huy tác chiến, bổ sung binh lực vật tư, đều từng có những chỉ thị chi tiết. Ngày 2 tháng 10 năm 1948, về việc sau khi Tưởng Giới Thạch điều quân từ Hoa Bắc tăng viện Cẩm Châu, Lâm Bưu dao động về phương châm tập trung binh lực đánh Cẩm Châu, lại muốn binh đoàn Dương (Đắc Chí), La (Thụy Khanh), Cảnh (Bưu) Hoa Bắc chi viện Đông Bắc, Chu Ân Lai đã soạn thảo bức điện của Quân ủy Trung ương gửi Lâm Bưu, La Vinh Hoàn. Trong điện nêu rõ, "Các đồng chí nên dựa vào lực lượng của chính mình để đối phó với kẻ địch có thể tăng viện ở đoạn Tân Du hoặc viện binh phía bắc Sơn Hải Quan, mà then chốt chính là nhanh chóng công chiếm Cẩm Châu, mong nỗ lực tranh thủ đánh hạ thành phố này trong vòng mười ngày nửa tháng." Ngày 15, Cẩm Châu giải phóng, tiêu diệt hơn 10 vạn tên địch. Ngày 17, Chu Ân Lai nói trong bức điện mừng soạn thảo cho Trung ương ĐCSTQ: "Thắng lợi này xuất hiện ở giai đoạn khởi đầu cuộc tấn công mùa thu năm nay của các đồng chí, những thắng lợi mới nhất định sẽ tiếp tục đến, mong các đồng chí tiếp tục nỗ lực, chiến đấu để tiêu diệt toàn bộ quân phỉ Tưởng ở Đông Bắc, giải phóng hoàn toàn nhân dân Đông Bắc!" Chỉ rõ chiến dịch Cẩm Châu nhất định sẽ phát triển thành đại chiến giải phóng toàn bộ Đông Bắc.

Ngày 19 tháng 10, Trường Xuân giải phóng, đại cục giải phóng Đông Bắc đã được định đoạt. Trong tình huống này, ngày 20, Chu Ân Lai soạn thảo bức điện của Trung ương ĐCSTQ gửi đồng chí Đông Bắc và thông báo cho Lâm Bưu, La Vinh Hoàn... yêu cầu họ khẩn trương sửa thông đoạn Đào Lại Chiêu đến Tứ Bình của tuyến đường Trung Xung, để sau khi giải phóng Thẩm Dương có thể nhanh chóng sửa thông toàn đoạn đường Trung Xung và tiến về phía trước tới tuyến đường Bắc Ninh. Ngày 2 tháng 11, Thẩm Dương, Doanh Khẩu giải phóng, chiến dịch Liêu Thê kết thúc. Tưởng Giới Thạch và Phó Tác Nghĩa đối với lực lượng thủ thành ở khu vực Bình Tân là nên tiến xuống phía nam hay rút lui về phía tây vẫn đang còn do dự, đấu đá ngầm. Ngày 9, Chu Ân Lai soạn thảo bức điện của Quân ủy Trung ương ĐCSTQ gửi các đồng chí lãnh đạo có liên quan ở Hoa Bắc và Đông Bắc, nói rằng: Phó Tác Nghĩa "đang quanh quẩn giữa Bình, Trương, Tân, Bảo, đối với việc kiên thủ Bình, Tân hay rút lui về phía tây Tự, Bao, có vẻ như vẫn chưa đưa ra quyết định cuối cùng". Để lưu giữ quân đội của Phó Tác Nghĩa ở khu vực Bình, Tân, Trương, Bảo, đã hạ lệnh cho binh đoàn thứ ba Hoa Bắc mở cửa phía tây hiệp đồng với binh đoàn thứ nhất tấn công Thái Nguyên rồi quay về phía bắc, binh đoàn thứ ba Hoa Bắc đình chỉ việc thực hiện kế hoạch vây đánh Quy Tuy, để đề phòng quân phỉ Tưởng rút về phía tây, chờ đợi Dã chiến quân Đông Bắc vào quan cùng nhau đoạt lấy Bình, Tân. Đầu tháng này, Quân ủy Trung ương ĐCSTQ quyết định mở rộng quy mô tác chiến của chiến dịch Hoài Hải đã định ban đầu, đồng thời chỉ thị cho hai dã chiến quân Hoa Đông và Trung Nguyên hiệp đồng tác chiến.

Ngày 17 tháng 11 năm 1948, Chu Ân Lai soạn thảo bức điện của Quân ủy Trung ương gửi Lâm Bưu, La Vinh Hoàn, Lưu Á Lâu, chỉ rõ rằng "Dưới sự uy hiếp thắng lợi của chúng ta, phỉ Tưởng nhất định sẽ cân nhắc vấn đề phòng tuyến sông Trường Giang của chúng", mà "24 sư hệ chính thống của phỉ Tưởng vận chuyển đường biển từ Hoa Bắc xuống Giang Nam, là binh lực cơ động duy nhất mà Tưởng Giới Thạch có thể sử dụng hiện nay", "Nhìn từ toàn cục, việc lưu giữ 24 sư hệ Tưởng và 16 sư bộ kỵ hệ Phó ở Hoa Bắc để tiêu diệt, một mặt tạo thuận lợi cho Dã chiến quân Đông Bắc vào quan tác chiến, mặt khác sẽ đẩy nhanh sự sụp đổ của sự thống trị phỉ Tưởng, khiến cho phòng tuyến Giang Nam của chúng không thể hình thành, hai dã chiến quân Hoa Đông và Trung Nguyên vừa có thể tiếp tục tiêu diệt địch ở khu vực Từ Hoài, vừa thuận tiện cho Dã chiến quân Đông Bắc sau này dọc theo tuyến đường Tân Phổ tiến xuống phía nam, đánh thẳng vào hạ lưu sông Trường Giang." Điện yêu cầu Dã chiến quân Đông Bắc xem xét thay đổi kế hoạch ban đầu là chỉnh đốn đến cuối tháng 12, tiến vào quan trước thời hạn. Ngày 18, Quân ủy Trung ương ĐCSTQ quyết định Dã chiến quân Đông Bắc đi đường tắt với tốc độ nhanh nhất tiến vào quan. Ngày 29, chiến dịch Bình Tân bắt đầu. Từ giữa tháng 12, Chu Ân Lai phò trợ Mao Trạch Đông chỉ đạo những người lãnh đạo tiền tuyến Bình Tân bắt đầu tiến hành đàm phán với những người do Phó Tác Nghĩa phái tới, nguyên tắc cơ bản là tranh thủ phe địch hạ vũ khí. Ngày 10 tháng 1 năm 1949, chiến dịch Hoài Hải kết thúc thắng lợi. Đến đây, chủ lực tinh nhuệ của Tưởng Giới Thạch và Quốc Dân Đảng đã bị tiêu diệt. Ngày 15, Thiên Tân giải phóng. Ngày 31, Bắc Bình được giải phóng hòa bình, chiến dịch Bình Tân kết thúc thắng lợi.

Từ lâu, Chu Ân Lai đã dấn thân vào công tác liên lạc bí mật với một số tướng lĩnh Quốc Dân Đảng. Tháng 12 năm 1945, trong bức điện do ông soạn thảo cho Trung ương ĐCSTQ gửi Lưu Bác Thừa, Đặng Tiểu Bình, Trần Nghị..., yêu cầu họ làm tốt công tác tranh thủ các tướng lĩnh nguyên hệ Tây Bắc. Vào thời khắc then chốt chiến đấu, công tác này đã phát huy tác dụng quan trọng. Ví như ngày 16 tháng 6 năm 1946, Chu Ân Lai điện báo cho Trung ương rằng, Trương Khắc Hiệp - phó tổng tư lệnh của Phùng Tráp Phát đã bị phía Quốc Dân Đảng chú ý, nay muốn đưa vợ con của ông ta đến khu giải phóng trước, xin báo cho Từ Băng lo liệu. Ngày 17, ông điện báo cho Trung ương ĐCSTQ chuyển cho Trần Nghị nói rằng, Ngô Hóa Văn muốn tìm lối thoát, xin Trần Nghị liên hệ. Sau đó, trong chiến dịch Tế Nam, quân trưởng quân chỉnh biên 96 Quốc Dân Đảng Ngô Hóa Văn dẫn bộ đội khoảng 2 vạn người khởi nghĩa trước trận tuyến, thúc đẩy chiến dịch kết thúc trước 12 ngày, Quân giải phóng nhân dân giảm bớt hai, ba nghìn thương vong. Chiến dịch Hoài Hải bắt đầu, đảng viên cộng sản ngầm Hà Cơ Phong, Trương Khắc Hiệp - phó tư lệnh khu vực suỹ định thứ ba Quốc Dân Đảng đã dẫn hơn 2 vạn bộ đội khởi nghĩa, tạo ra điều kiện vô cùng có lợi để Quân giải phóng nhân dân nhanh chóng cắt đứt đường rút lui của binh đoàn Hoàng Bách Thao, đây cũng là nhân tố khiến cho chiến dịch Hoài Hải mở rộng quy mô.

Trong quá trình chỉ huy chiến tranh giải phóng, Chu Ân Lai bận rộn ngày đêm, không lúc nào ngơi nghỉ. Ông tham gia vào hàng loạt quyết định hành động quân sự của các khu vực chiến bị, từng đưa ra chỉ thị bằng điện tín cho rất nhiều chiến dịch. Những bức điện chỉ huy tác chiến do ông soạn thảo, nhiều nhất có lúc lên tới 22 bản trong một ngày đêm. Năm 1948, để khiến cho bộ đội chuyển đổi từ chiến tranh du kích sang chiến tranh chính quy, ông đã vạch ra "Quy định về việc thống nhất tổ chức và phiên hiệu toàn quân của Quân giải phóng" cho Quân ủy Trung ương. Tháng 6 năm 1949, Mao Trạch Đông, Chu Đức, Lưu Thiếu Kỳ, Chu Ân Lai, Bành Đức Hoài đã ban hành mệnh lệnh, công bố kiểu dáng cờ quân đội và huy hiệu quân đội của Quân giải phóng nhân dân Trung Quốc.

Sau khi Chu Ân Lai trở về Diên An, ngày 16 tháng 12 năm 1946, được bổ nhiệm kiêm giữ chức Bộ trưởng Bộ Công tác Thành thị Trung ương. Ông lãnh đạo chiến tuyến thứ hai cuồn cuộn sóng gió ở khu vực thống trị của Quốc Dân Đảng. Chiến tuyến này lấy học sinh làm chủ thể, có đông đảo công nhân, nông dân, giáo viên, nhân viên, nhân sĩ dân chủ yêu nước... tham gia, triển khai đấu tranh vô cùng mãnh liệt, lớp lớp sóng sau xô sóng trước với phe phản động Quốc Dân Đảng. "Từ sự phát triển phối hợp và thắng lợi của chiến tranh ái quốc tự vệ ở khu giải phóng và phong trào dân chủ ái quốc của nhân dân ở khu cai trị của Tưởng để xóa bỏ sự thống trị độc tài của giai cấp địa chủ lớn và đại tư sản".

Nền tảng của chiến tuyến thứ hai được Chu Ân Lai đặt ra trong công tác lâu dài tại Cục Trường Giang, Cục Phương Nam của Trung ương ĐCSTQ. Phong trào "12 tháng 1" năm 1945 đã thúc đẩy phong trào dân chủ yêu nước trên toàn quốc. Dưới hiệu triệu của Đảng Cộng sản Trung Quốc, một phong trào phản đối nội chiến lấy phong trào học sinh làm chủ đạo đã quét sạch toàn bộ khu vực thống trị của Quốc Dân Đảng trong một thời gian. Tháng 6 năm 1946, Chu Ân Lai phê chuẩn kiến nghị của Hoa Cương - Bí thư Công ủy Thượng Hải thuộc Cục Nam Kinh ĐCSTQ, quyết định tổ chức đại diện các giới Thượng Hải đến Nam Kinh thỉnh nguyện vì hòa bình. Các đại biểu đã bị đông đảo đặc vụ bao quát và hành hung tại ga Hạ Quan vào ngày 23 tháng 6, vạch trần nguyên hình không cần hòa bình của Tưởng Giới Thạch. Phong trào hòa bình dân chủ từ "12 tháng 1" đến "23 tháng 6" đã chuẩn bị cho việc hình thành chiến tuyến thứ hai, nghênh đón cuộc đấu tranh quy mô lớn hơn.

Sau khi Chu Ân Lai kiêm nhiệm chức Bộ trưởng Bộ Công tác Thành thị Trung ương, tháng 1 năm 1949, đã điều chỉnh hệ thống tổ chức của ĐCSTQ ở khu vực thống trị của Quốc Dân Đảng, để phối hợp với chiến tranh giải phóng, nghênh đón cao trào cách mạng mới toàn quốc. Ngày 1 tháng 2, ông phát biểu tại hội nghị Bộ Chính trị Trung ương ĐCSTQ, phân tích phong trào nhân dân ở khu cai trị của Tưởng, chỉ rõ đây là "chiến trường thứ hai". Ông nói: Sự thật chủ nghĩa đế quốc Mỹ xâm lược Trung Quốc, ủng hộ Tưởng Giới Thạch đánh nội chiến đã khơi dậy phong trào phản Mỹ chống bạo động của nhân dân Trung Quốc vào cuối năm ngoái, phe phản động Mỹ - Tưởng càng rơi vào tình thế cô lập. Hội nghị đã thông qua chỉ thị nghênh đón cao trào cách mạng mới của Trung Quốc, chỉ rõ cục diện chính trị Trung Quốc sẽ phát triển đến một giai đoạn mới, tức là giai đoạn cao trào mới của cuộc đấu tranh phản đế phản phong kiến toàn quốc, hiện nay đang là đêm trước của nó, nhiệm vụ của Đảng Cộng sản Trung Quốc là chiến đấu để giành lấy sự đến và thắng lợi của cao trào này.

Năm 1947, cao trào phong trào học sinh dâng trào nối tiếp nhau. Ngày 5 tháng 5, trong chỉ thị của Trung ương ĐCSTQ do Chu Ân Lai soạn thảo, yêu cầu tổ chức đảng ở khu vực thống trị của Quốc Dân Đảng "bảo vệ đảng ta và lực lượng tiến bộ dân chủ, để tiếp tục đẩy mạnh triển khai phong trào nhân dân", "Công tác thành thị ở khu cai trị của Tưởng, tất cả đều phải xuất phát từ dự tính tồn tại lâu dài, để thúc đẩy đấu tranh của quần chúng, triển khai mặt trận thống nhất, như vậy, mới có thể phối hợp với thắng lợi của khu giải phóng, thúc đẩy cao trào mới toàn quốc đến." Ngày 20 tháng 5, phong trào phản đói đói kém, phản đối nội chiến đã xảy ra ở khu cai trị của Tưởng. Làn sóng của phong trào này đã quét sạch hơn 20 tỉnh, hơn 60 thành phố lớn và vừa trên toàn quốc, phong trào học sinh hội tụ một thể với phong trào bãi công của công nhân, phong trào thị dân, phong trào đấu tranh chống tô thuế của nông dân..., kéo dài hơn một tháng. Mao Trạch Đông chỉ rõ: "Trong lãnh thổ Trung Quốc đã có hai con đường", "Chính phủ Tưởng Giới Thạch đã ở trong sự bao vây của toàn dân". Ngày 23 tháng 5, chỉ thị của Trung ương ĐCSTQ do Chu Ân Lai soạn thảo lại chỉ rõ: Trong phong trào học sinh hy vọng kiên trì phương châm của Đảng, "đồng thời vận dụng linh hoạt chiến lược đấu tranh, lúc tiến thẳng, lúc vòng vo, lúc tập trung, lúc phân tán, công khai với bí mật, hợp pháp với phi pháp, vừa phân biệt vừa kết hợp, khiến cho mọi cuộc đấu tranh của quần chúng đều nhằm vào việc khai thông chiến trường thứ hai ở khu cai trị của Tưởng, đẩy mạnh phong trào hòa bình dân chủ ái quốc của nhân dân tiến về phía trước một cách đại quy mô".

Hãng thông tấn Trung ương của Quốc Dân Đảng lúc đó có một thống kê rõ ràng đã thu nhỏ lại: Từ tháng 12 năm 1946 đến tháng 6 năm 1948, tổng cộng xảy ra "triều trào học sinh" 109 lần, 506 ngày. Nó nói, "triều trào học sinh" và "tất cả lời hiệu triệu và yêu cầu" của ĐCSTQ hoàn toàn hô ứng chặt chẽ, khớp nhau như nhịp phách, "công khai mở ra cái gọi là chiến trường thứ hai ở hậu phương chính phủ".

Sự dâng cao của phong trào học sinh đã thúc đẩy sự dâng cao của toàn bộ phong trào nhân dân.

Cuộc đấu tranh ở chiến tuyến thứ hai do Chu Ân Lai lãnh đạo có một đặc điểm nổi bật, đó là vừa phân biệt với chủ nghĩa hợp pháp của Trần Độc Tú trong thời kỳ Đại cách mạng, vừa tránh được sai lầm "tả" khuynh phát sinh khởi nghĩa vũ trang ở các thành phố trung tâm. Ngày 22 tháng 8 năm 1948, Chu Ân Lai soạn thảo chỉ thị cho Trung ương ĐCSTQ, được Mao Trạch Đông sửa chữa rồi phát đi. Trong chỉ thị này nói rằng: "Tưởng gần đây đã quyết định xé rách tàn dư cuối cùng của lớp ngụy trang dân chủ, tiến hành giãy giụa lần cuối của độc tài phát xít cuồng loạn", "Công tác hiện tại của đảng ta ở khu vực thống trị của Quốc Dân Đảng, nhất định phải có đầu óc tỉnh táo và chiến lược linh hoạt, nhất định phải dựa vào đông đảo quần chúng mà không được phạm sai lầm chủ nghĩa phiêu lưu." Nó phân tích rằng, trong các thành phố do Quốc Dân Đảng thống trị, việc tiến hành đơn độc khởi nghĩa vũ trang của công nhân, thị dân, nói một cách chắc chắn là thông thường không thể làm được. Cho nên, việc thực hiện hoặc chuẩn bị thực hiện hành động trực tiếp đấu tranh vũ trang đều không được phép, đều có nguy cơ làm cho đội ngũ tiên phong thiểu số rời xa quần chúng rộng rãi, chịu đựng tàn sát nghiêm trọng và rước lấy thất bại nhất thời. Chỉ thị đề ra nên "kiên quyết thực hiện phương châm rút lui ẩn náu, tích lũy lực lượng, để chờ thời cơ." Phàm là những đảng viên ĐCSTQ, học sinh tiến bộ và nhân sĩ yêu nước đã bị bại lộ, phần lớn rút lui về khu giải phóng, như Thượng Hải rút ra khoảng 2000 người, Bắc Bình rút ra khoảng 1000 người, Nam Kinh rút ra mấy trăm người, phần lớn số người này sau khi giải phóng đã quay trở lại thành phố, trở thành cán bộ công tác trên các mặt trận của chính quyền nhân dân. Những người ở lại trong thành phố không rút đi, triển khai đấu tranh phản di dời, phản phá hoại, trăm phương ngàn kế bảo vệ nhà máy, bảo vệ trường học, bảo vệ cửa hàng và bảo vệ tất cả các công trình công cộng, đập tan mưu đồ phá hoại hoặc hủy diệt thành phố của phe phản động Quốc Dân Đảng, trong ứng ngoài hợp, phối hợp với Quân giải phóng nhân dân giải phóng và tiếp quản thành phố một cách trọn vẹn, bảo toàn nguyên khí cho đất nước và nhân dân.

Ngày 30 tháng 4 năm 1948, Trung ương ĐCSTQ ban bố khẩu hiệu Ngày Quốc tế Lao động 1 tháng 5, trong đó đề ra:

"Cùng nhau phấn đấu để đánh đổ Tưởng Giới Thạch thiết lập Trung Quốc mới", hiệu triệu "các đảng phái dân chủ, các đoàn thể nhân dân, các bậc hiền tài xã hội nhanh chóng triệu tập hội nghị hiệp thương chính trị, thảo luận và thực hiện việc triệu tập đại hội đại biểu nhân dân, thành lập chính phủ liên hợp dân chủ".

Hiệu triệu này nhận được sự hưởng ứng rộng rãi của các nhà lãnh đạo đảng phái dân chủ và nhân sĩ dân chủ không đảng phái như Lý Tế Thâm, Hà Hương Ngưng, Thẩm Quân Nho, Mã Tự Luân, Thái Đình Khải, Đàm Bình Sơn, Quách Mạt Nhược... Họ cho rằng khẩu hiệu 1 tháng 5 của ĐCSTQ "phù hợp với yêu cầu thời thế của nhân dân, càng phù hợp với bản chí của mọi người", bày tỏ sẽ gửi điện chung đến các giới trong và ngoài nước cũng như kiều bào hải ngoại, cùng nhau trù bị thúc đẩy, hoàn thành đại nghiệp.

Sau đó, Chu Ân Lai một mặt phò trợ Mao Trạch Đông tiếp tục chỉ huy đại quyết chiến trên phạm vi toàn quốc, một mặt dùng phần lớn tinh lực để trù tính việc thiết lập chính quyền nhà nước của nhân dân.

Từ mùa thu năm 1948, hàng trăm nhân sĩ dân chủ yêu nước theo lời mời của Trung ương ĐCSTQ, đã đến khu giải phóng từ khu vực thống trị của Quốc Dân Đảng và Hồng Kông, hải ngoại. Để họ đến khu giải phóng bình an, Chu Ân Lai đã sắp xếp chu đáo tỉ mỉ. Đầu tháng 11, ông nhận sự ủy thác của các đại biểu đảng phái dân chủ đã đến Cáp Nhĩ Bính, bắt đầu chủ trì soạn thảo cương lĩnh chung của hội nghị hiệp thương chính trị mới. Ngày 27 tháng 2 năm 1949, lúc đó ông vẫn ở Tây Bá Po, đã duyệt sửa "Thỏa thuận về một số vấn đề của hội nghị hiệp thương chính trị mới", "Điều lệ tổ chức hội nghị trù bị hiệp thương chính trị mới (dự thảo)", "Danh sách ứng cử viên nhân sĩ dân chủ các đơn vị tham gia hội nghị trù bị chính hiệp mới", "Đề cương tổ chức chính phủ nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa (dự thảo)", "Cương lĩnh cách mạng dân chủ nhân dân Trung Quốc (dự thảo)"..., phê thị in thành một cuốn, gọi là "Các tài liệu liên quan đến hội nghị hiệp thương chính trị mới", để mọi người cùng nhau hiệp thương thảo luận. Ngày 15 tháng 6, hội nghị lần thứ nhất của hội nghị trù bị chính hiệp mới được tổ chức tại điện Cần Chính, Trung Nam Hải, Bắc Bình. Chu Ân Lai làm chủ tịch, đọc diễn văn khai mạc. Ngày hôm sau, ông có bài báo cáo giải thích "Điều lệ tổ chức hội nghị trù bị hiệp thương chính trị mới (dự thảo)" tại hội nghị, đồng thời giải thích rằng, cương lĩnh chung của chúng ta "không thể không chuyển sang phương diện xây dựng", "trọng điểm phải đặt vào nỗ lực chung của chúng ta, nhằm xây dựng một nước Trung Quốc mới dân chủ mới". Hội nghị đã thông qua danh sách Ủy ban Thường vụ hội nghị trù bị chính hiệp mới, Chu Ân Lai được suy cử làm phó chủ nhiệm Ủy ban Thường vụ, đồng thời kiêm tổ trưởng tổ ba, phụ trách soạn thảo "Cương lĩnh chung". Để soạn thảo tốt "Cương lĩnh chung", cuối tháng 6, ông "tự giam mình" ở điện Cần Chính khoảng một tuần lễ, tự tay viết ra toàn văn, sau đó lại trải qua bảy lần thảo luận và sửa đổi lặp đi lặp lại, mới hình thành bản dự thảo gửi giao hội nghị toàn thể lần thứ hai của hội nghị trù bị.

Từ ngày 26 đến ngày 27 tháng 8, Chu Ân Lai chủ trì hội nghị lần thứ tư Ủy ban Thường vụ hội nghị trù bị chính hiệp mới. Tại hội nghị, ông đề xuất: Trong thời kỳ xã hội chủ nghĩa, vẫn phải có mặt trận thống nhất giữa ĐCSTQ và người ngoài đảng, phải có tổ chức hợp tác thống nhất của các đảng phái chuẩn bị, tổ chức mặt trận thống nhất cố định này, tên gọi cũng phải cố định, kiến nghị gọi là Hội nghị Hiệp thương Chính trị Nhân dân Trung Quốc, nó phải tồn tại lâu dài. Ngày 17 tháng 9, tại hội nghị toàn thể lần thứ hai của hội nghị trù bị chính hiệp mới, chính hiệp mới đổi tên thành Hội nghị Hiệp thương Chính trị Nhân dân Trung Quốc.

Ngày 21 tháng 9, hội nghị toàn thể lần thứ nhất Hội nghị Hiệp thương Chính trị Nhân dân Trung Quốc long trọng khai mạc tại Hoài Nhân Đường, Trung Nam Hải. Mao Trạch Đông tuyên bố tại hội nghị: "Nhân dân Trung Quốc từ nay đã đứng lên rồi", "Dân tộc của chúng ta sẽ không bao giờ còn là một dân tộc bị nhục mạ nữa, chúng ta đã đứng lên rồi." Ngày hôm sau, Chu Ân Lai đọc báo cáo "Về quá trình soạn thảo và đặc điểm của dự thảo" tại hội nghị. Báo cáo nói: Mục đích của chúng ta là "xây dựng một nước Trung Quốc mới độc lập, dân chủ, hòa bình, thống nhất và phú cường. Vì nhiệm vụ này, chúng ta đoàn kết các giai cấp dân chủ, các dân tộc trong nước và Hoa kiều ở nước ngoài, kết thành mặt trận thống nhất dân chủ nhân dân vĩ đại như thế này", "Đảng Cộng sản Trung Quốc, Quân giải phóng nhân dân Trung Quốc và mặt trận thống nhất dân chủ nhân dân đã bảo đảm cho cách mạng dân chủ nhân dân giành được thắng lợi ngày nay". Ông nói, chế độ chính quyền của chúng ta "là chế độ đại hội đại biểu nhân dân mang tính tập trung dân chủ", quân đội của chúng ta là "quân đội của nhân dân", "chế độ công tác chính trị là linh hồn của nó"; chính sách kinh tế của chúng ta phải "đạt được mục đích phát triển sản xuất phồn vinh kinh tế", "kinh tế quốc doanh là thành phần lãnh đạo"; chính sách văn hóa của chúng ta là "hình thức dân tộc, nội dung khoa học, phương hướng đại chúng"; chính sách đối ngoại của chúng ta là "bảo đảm độc lập, tự do của bản quốc và sự toàn vẹn chủ quyền lãnh thổ, ủng hộ hòa bình lâu dài quốc tế và sự hợp tác hữu nghị giữa nhân dân các nước", đất nước của chúng ta phải "trở thành đại gia đình hợp tác hữu ái của các dân tộc".

Ngày 27 và ngày 29 tháng 9, hội nghị dưới sự chủ trì của Chu Ân Lai... đã lần lượt thông qua "Luật tổ chức Chính phủ Nhân dân Trung ương nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa", "Cương lĩnh chung Hội nghị Hiệp thương Chính trị Nhân dân Trung Quốc", "Quy định về việc bầu cử Ủy ban Toàn quốc Chính hiệp Nhân dân Trung Quốc và Ủy ban Chính phủ Nhân dân Trung ương" cùng bốn nghị đề quốc đô, niên hiệu, quốc ca, quốc kỳ của nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa. Ngày 30, Chu Ân Lai đắc cử Ủy viên Chính phủ Nhân dân Trung ương và Ủy viên Ủy ban Toàn quốc Chính hiệp Nhân dân Trung Quốc (ngày 9 tháng 10 đắc cử Phó chủ tịch tại hội nghị toàn thể). 6 giờ chiều, lễ đặt viên đá đầu tiên Đài tưởng niệm anh hùng nhân dân được tổ chức tại quảng trường Thiên An Môn. Sau khi Chu Ân Lai đại diện Đoàn chủ tịch đại hội phát biểu, Mao Trạch Đông tuyên đọc bài văn bia do ông chấp bút. Bài văn bia này sau đó do Chu Ân Lai viết tay, được khắc vĩnh viễn trên tấm bia kỷ niệm trang nghiêm.

Chiều ngày 1 tháng 10, tại hội nghị lần thứ nhất do Ủy ban Chính phủ Nhân dân Trung ương tổ chức, Chu Ân Lai được bổ nhiệm làm người đứng đầu chính phủ khóa đầu tiên của Trung Quốc mới — Thủ tướng Viện Chính vụ Chính phủ Nhân dân Trung ương.

Từ đó, bắt đầu chặng đường 26 năm làm thủ tướng quốc gia lao tâm khổ tứ của ông.