Bàn về vấn đề người Chàm ở lại trên vùng đất Quảng Nam - Đà Nẵng ngày nay trong giai đoạn 165 năm này cũng hơi bị thừa vì gần như những quan điểm chính thống đều thừa nhận rằng cho đến 1471, người Chàm vẫn quản lý và dĩ nhiên là có dân ở lại trên vùng đất này.
Chúng ta hãy lược lại vài sử liệu để có thể chắc chắn điều này:
Ngay sau đám cưới Huyền Trân, nhà Trần đã thiết lập đơn vị hành chính trên vùng đất vừa có được là hai châu Thuận và Hóa và sai Đoàn Nhữ Hài đến vỗ yên dân chúng(71). Châu Thuận ở ngoài và Châu Hóa ở trong với một cơ quan quân sự hành chính là thành Hóa Châu, theo Đại Nam Nhất Thống Chí là “ Nha môn Đô Ty Thừa ty của phủ Triệu Phong, cao hàng trăm trượng, đứng sững như đám mây dài. Năm Đại Trị thứ 5 đời Trần Dụ Tông (1362), sai Đỗ Tử Bình sửa sang thành này. Nay không biết ở chỗ nào”(72). Năm 1362 đã sửa sang thành, có nghĩa là thành này đã được xây dựng trước đó nữa. Điều này có nghĩa rằng ngay sau 1306 một chính quyền với cơ quan hành chính, quân sự tập trung đã được nhà Trần thiết lập trên vùng đất phía Bắc Hải Vân.
Thế nhưng, trong khi đó ở phía Nam đèo Hải Vân thì ta có sự kiện: “(1307) Người các thôn La Thủy, Tác Hồng, Đà Bồng không chịu theo. Vua sai Nhữ Hài đến tuyên dụ đức ý (của nhà vua) chọn người trong bọn họ trao cho quan tước, lại cấp ruộng đất, miễn tô thuế 3 năm để vỗ về”(73). Chưa thấy tài liệu nào nói ba thôn này hiện nay thuộc vào địa phương nào, nó có thể ở Bắc Hải Vân mà cũng có thể ở Nam Hải Vân. Ở đây chỉ nhấn mạnh ý rằng đã có một số địa phương người Chàm không chịu theo chính quyền mới và họ vẫn ở lại chứ không bỏ đi.
Từ đó, 1307, cho đến khi Hồ Quý Lý thâu tóm thêm vùng đất Chiêm Động và Cổ Lũy thì phần lớn thời gian vùng đất này (Bắc Thu Bồn) vẫn thuộc về sự cai trị của người Chàm. Năm Hưng Long thứ 20 (1312) vua thân đi đánh Chiêm Thành, vua đến Câu Chiêm dừng lại. Vua Chiêm là Chế Chí sai trại chủ Câu Chiêm đến cống. Vua Trần Anh Tông yêu cầu Quốc chủ ra hàng. Trại chủ báo cáo với Chế Chí. Chế Chí nghe theo, đem gia thuộc đi đường biên tới hàng(74).” Chưa thấy tài liệu nào xác định Câu Chiêm nay thuộc vùng đất nào, chỉ Phan Khoang phỏng đoán đó: “Có lẽ ở biên giới núi Hải Vân”(75). Phan Khoang phỏng đoán vậy vì ông đọc chữ Câu thành chữ Cu và liên hệ đến sông Cu Đê dưới chân Nam Hải Vân. SKTT bản dịch của NXB. KHXH đọc là Câu Chiêm; Cương Mục, bản dịch của NXB. Giáo dục 1998 cũng đọc là Câu Chiêm. Từ Câu Chiêm cho ta liên hệ đến Câu Lâu và Chiêm Động (sau là Thanh Chiêm và đó là tên gọi một dinh trấn quan trọng của Đàng Trong). Cả hai địa danh này hiện nay đều ở cạnh nhau, đều thuộc xã Điện Phương huyện Điện Bàn. Cuộc điền dã của Giáo sư Trần Quốc Vượng năm 1989 phát hiện thấy trên vùng đất gọi là Thanh Chiêm có rất nhiều hiện vật, di tích Chiêm Thành và cuộc hội thảo về 400 năm Dinh trấn Thanh Chiêm do tỉnh Quảng Nam tổ chức năm 2002 đã xác định đây chính là dinh trấn mà Nguyễn Hoàng đã thành lập trên cơ sở một đồn lũy cũ của Chiêm Thành.
Những điều này tạm cho chúng ta giả định rằng cho đến trước khi Hồ Quý Ly chiếm lấy Chiêm Động và Cổ Lũy (1402) thì toàn bộ vùng đất Bắc Quảng Nam, tuy đã thuộc về Đại Việt nhưng vẫn dưới quyền cai trị của Chiêm Thành. Mãi đến năm 1471 SKTT còn chép đến việc bắt sống Bồng Nga Sa là viên lại giữ cửa sông Cu Đê (sông chảy sát chân núi Nam Hải Vân) của nước Chiêm(76), điều này cho thấy một cách khá rõ rằng người Chiêm Thành vẫn còn kiểm soát khá kỹ vùng đất Nam Hải Vân cho mãi đến 1471. Cần nhắc rằng trong khi đó Bắc Hải Vân đã được Đại Việt kiểm soát ngay sau 1306 ngoại trừ 13 năm (1377-1390) dưới thời Chế Bồng Nga.
Như vậy là cho đến 1471 đất Quảng Nam ngày nay vẫn hoàn toàn thuộc về Chiêm Thành ngoại trừ một số năm dưới thời nhà Hồ. Mặc dù từ 1306 nó đã thuộc về Đại Việt nhưng người Chàm vẫn kiểm soát vùng đất này. Trong những năm Đại Việt thuộc Minh họ vẫn mong muốn giành lại Ô, Lý; nhiều lần đem quân ra đánh thành Châu Hóa nhưng đều không thành công. Và điều này khiến chúng ta hiểu rằng cho đến 1471, đất Đà Nẵng Quảng Nam ngày nay người Chàm vẫn sinh sống và kiểm soát hoàn toàn mọi mặt về xã hội.
