Cuộc vây hãm và chiếm đóng Miletus.

Vào thời điểm đó, Glaucippus, một trong những nhân vật nổi bật nhất tại Miletus, được người dân và đám lính đánh thuê Hy Lạp - những kẻ thực tế đang nắm giữ thành phố thay vì người dân địa phương - cử đến gặp Alexander. Ông ta đến để chuyển lời rằng người Milesia sẵn sàng mở cửa thành và hải cảng cho Alexander cũng như quân Ba Tư cùng sử dụng; và dựa trên những điều kiện ấy, họ yêu cầu Alexander hãy dỡ bỏ lệnh vây hãm. Thế nhưng, Alexander ra lệnh cho Glaucippus phải lập tức quay trở lại trong thành và bảo người dân hãy chuẩn bị cho một trận chiến vào lúc rạng đông. Sau đó, ông cho bố trí các cỗ máy công thành gần tường thành. Chỉ trong một thời gian ngắn, sau khi phá vỡ một phần lớn tường thành và làm rung chuyển những đoạn còn lại, ông cho quân áp sát để binh lính có thể tràn vào bất cứ nơi nào tường thành đã sụp đổ hoặc bị chấn động. Quân Ba Tư đóng tại Mycale bám sát theo sau họ và gần như có thể nhìn thấy đồng minh và bạn hữu của mình đang bị vây hãm. Trong khi đó, Nicanor quan sát thấy từ Lade rằng Alexander đã bắt đầu cuộc tấn công, liền chèo thuyền dọc theo bờ biển để tiến vào hải cảng Miletus. Ông cho buộc các chiến thuyền trireme của mình lại với nhau, xếp sát nhau hết mức có thể, với phần mũi tàu hướng về phía kẻ thù, chắn ngang phần hẹp nhất của cửa cảng, qua đó cắt đứt đường tiếp viện của hạm đội Ba Tư vào cảng và khiến quân Ba Tư không thể ứng cứu cho người Milesia.

Đoạn, quân Macedonia từ mọi phía ập vào tấn công người dân thành phố và đám lính đánh thuê Hy Lạp khiến chúng phải tháo chạy. Một vài kẻ tự lao mình xuống biển, nằm trên những chiếc khiên với mặt lõm hướng lên trên để trôi dạt ra một hòn đảo nhỏ không tên nằm gần thành phố; những kẻ khác leo lên thuyền nhẹ và cố gắng chạy thoát trước các chiến thuyền trireme của Macedonia, nhưng đều bị quân của Alexander bắt gọn tại cửa cảng. Tuy nhiên, phần lớn bọn chúng đều bị tiêu diệt ngay trong thành. Ngay khi Alexander chiếm được thành phố, ông liền cho thuyền tiến đánh những kẻ đã chạy trốn ra đảo lánh nạn, lệnh cho binh lính mang theo thang đặt trên mũi các chiến thuyền trireme với ý định cập bến dọc theo các vách đá của hòn đảo, hệt như cách họ leo lên tường thành. Nhưng khi thấy những kẻ trên đảo đã quyết tâm tử chiến, ông nảy lòng thương xót vì nhận thấy họ vừa dũng cảm lại vừa trung thành; do đó, ông đã ký một hiệp ước đình chiến với họ, với điều kiện họ phải phục vụ dưới trướng ông như những người lính. Đám lính đánh thuê Hy Lạp này có khoảng 300 người. Ông cũng ân xá cho tất cả cư dân Miletus thoát chết trong cuộc chiếm đóng thành phố và ban cho họ quyền tự do.

Người nước ngoài thường xuất phát từ Mycale mỗi ngày và dong thuyền tiến về phía hạm đội Hy Lạp, hy vọng dụ được đối phương chấp nhận lời thách đấu và ra khơi nghênh chiến. Thế nhưng, vào ban đêm, họ lại neo đậu tàu thuyền gần Mycale, một vị trí bất lợi vì họ buộc phải lấy nước ngọt từ cửa sông Maeander, vốn cách đó khá xa. Alexander canh giữ hải cảng Miletus bằng các tàu chiến của mình để ngăn quân nước ngoài ép buộc tiến vào; đồng thời, ông cử Philotas đến Mycale, chỉ huy lực lượng kỵ binh và ba trung đoàn bộ binh, với mệnh lệnh ngăn cản quân trên các chiến thuyền đổ bộ. Theo đó, do tình trạng khan hiếm nước ngọt và các nhu yếu phẩm cần thiết khác, đám quân này coi như bị vây hãm ngay trên tàu, nên họ phải dong thuyền bỏ chạy tới Samos; tại đó, sau khi tiếp tế đầy đủ lương thực, họ lại quay trở lại Miletus. Họ cho dàn hầu hết các tàu chiến của mình bên ngoài hải cảng trên vùng biển sâu với hy vọng rằng, dù bằng cách này hay cách khác, họ có thể dụ quân Macedonia ra vùng biển khơi.

Có năm con tàu của họ đã tiến vào vũng tàu nằm giữa đảo Lade và trại quân, với ý định đánh úp các con tàu của Alexander khi chúng không có thủy thủ đoàn; vì họ đã thăm dò được rằng đa phần các thủy thủ đều đã tản mát khỏi tàu, một số đi kiếm củi, số khác đi thu gom lương thực, và số còn lại được phân công đi tìm kiếm thực phẩm. Và quả thực là có nhiều thủy thủ đang vắng mặt. Tuy nhiên, ngay khi Alexander trông thấy năm chiến thuyền Ba Tư đang tiến về phía mình, ông lập tức điều động mười con tàu với những thủy thủ đang có mặt tại đó, ra lệnh cho họ toàn lực tiến đánh và tấn công trực diện vào mũi tàu đối phương. Những kẻ trên năm chiến thuyền Ba Tư vừa thấy quân Macedonia dũng mãnh lao tới trái với dự đoán, liền lập tức quay đầu dù vẫn còn ở khoảng cách xa và tháo chạy về phía hạm đội của chúng. Dẫu vậy, con tàu của người Iassia vì không có tốc độ cao nên đã bị bắt gọn cùng toàn bộ thủy thủ đoàn trong cuộc tháo chạy; bốn con tàu còn lại đã may mắn trốn thoát về tới các chiến thuyền trireme của họ. Sau sự việc này, quân Ba Tư rời khỏi Miletus mà không đạt được bất kỳ mục đích nào.