Bấy giờ, Orontobates và Memnon, những chỉ huy người Ba Tư, đã họp bàn và nhận định từ tình thế hiện tại rằng họ không thể cầm cự lâu hơn trước cuộc bao vây, khi thấy một phần tường thành đã đổ sập, một phần khác bị đánh phá đến hư hại, và phần đông binh lính của họ đã tử trận trong các đợt xuất kích hoặc bị thương vô phương chiến đấu. Cân nhắc những điều này, vào khoảng canh hai đêm đó, họ châm lửa đốt tòa tháp gỗ mà chính họ đã dựng lên để chống lại các cỗ máy công thành của kẻ địch, cùng các kho chứa vũ khí của mình. Họ cũng phóng hỏa những ngôi nhà gần tường thành; và những ngôi nhà khác cũng bị thiêu rụi bởi ngọn lửa lan ra dữ dội từ các kho chứa và tòa tháp nhờ cơn gió thổi về hướng đó. Sau đó, một số quân địch rút lui về thành trì trên đảo (được gọi là Arconnesus), số khác chạy tới một pháo đài nữa tên là Salmacis.

Khi sự việc này được một vài kẻ đào tẩu khỏi đám phóng hỏa báo cho Alexander, và chính ông cũng nhìn thấy ngọn lửa đang bốc cháy dữ dội dù lúc đó đã là nửa đêm, ông lập tức dẫn quân Macedonia tiến ra và tiêu diệt những kẻ vẫn còn đang mải miết đốt phá thành phố. Tuy nhiên, ông ra lệnh bảo toàn mạng sống cho tất cả những người dân Halicarnassus nào bị bắt gặp đang ở trong nhà. Ngay khi ánh sáng ngày mới xuất hiện, ông có thể nhìn rõ những cứ điểm mà quân Ba Tư và lính đánh thuê Hy Lạp đã chiếm giữ; nhưng ông quyết định không bao vây chúng, vì cho rằng mình sẽ mất không ít thời gian để vây hãm do địa thế hiểm trở của chúng, hơn nữa ông nghĩ rằng chúng cũng chẳng còn mấy quan trọng với ông giờ đây khi ông đã chiếm trọn cả thành phố.

Vì thế, sau khi chôn cất những người đã khuất trong đêm, ông ra lệnh cho những binh sĩ phụ trách các cỗ máy công thành hãy chuyển chúng tới Tralles. Bản thân ông hành quân vào Phrygia, sau khi đã san bằng thành phố này xuống bình địa, và để lại 3.000 bộ binh cùng 200 kỵ binh Hy Lạp dưới quyền chỉ huy của Ptolemy để trấn giữ nơi này cũng như phần còn lại của xứ Caria. Ông chỉ định Ada làm phó vương cai quản toàn bộ xứ Caria. Nữ vương này là con gái của Hecatomnus và là vợ của Hidrieus, người mà mặc dù là anh trai của bà, vẫn chung sống với bà như vợ chồng theo tập tục của người Caria. Khi Hidrieus hấp hối, ông đã phó thác việc điều hành quốc sự cho bà, vì từ thời Semiramis, ở châu Á đã có tập tục để cả phụ nữ cai trị đàn ông. Thế nhưng Pixodarus đã tước quyền cai trị của bà và tự mình nắm quyền điều hành. Sau khi Pixodarus qua đời, con rể của ông là Orontobates được vua Ba Tư phái đến cai trị người Caria. Ada chỉ giữ lại Alinda, nơi kiên cố nhất xứ Caria; và khi Alexander tiến đánh Caria, bà đã ra đón ông, đề nghị giao nộp Alinda và nhận ông làm con nuôi. Alexander giao phó Alinda cho bà và cũng không thấy việc nhận tước hiệu người con là điều gì không xứng đáng; hơn thế nữa, khi đã chiếm được Halicarnassus và làm chủ phần còn lại của xứ Caria, ông đã ban cho bà đặc quyền cai trị toàn bộ đất nước.