Sau việc này, Alexander phái Parmenio cùng với đám quân nhu, kỵ binh Thessaly, quân đồng minh Hy Lạp, lính đánh thuê phụ trợ, và phần còn lại của lực lượng bộ binh trang bị nặng hơn, đi theo con đường dành cho xe cộ để tiến vào xứ Persis. Bản thân Alexander thì dẫn đầu bộ binh Macedonia, kỵ binh Cận vệ, kỵ binh nhẹ chuyên đánh du kích, quân Agriania, và các cung thủ, thực hiện một cuộc hành quân cưỡng bách xuyên qua các ngọn núi.

Nhưng khi đến Cổng Ba Tư, ông phát hiện Ariobarzanes, phó vương xứ Persis, đã dựng một bức tường chắn ngang đèo cùng với 40.000 bộ binh và 700 kỵ binh, đồng thời lập doanh trại ngay gần đó để chặn đường tiến của Alexander. Lúc ấy, Alexander đành hạ trại tại chỗ; nhưng sang ngày hôm sau, ông dàn trận và dẫn quân tiến về phía bức tường. Nhận thấy việc công phá trở nên khó khăn do địa hình gồ ghề, lại thêm nhiều binh sĩ bị thương khi quân địch dùng máy bắn đá từ trên cao để tấn công, gây bất lợi cho quân ta, ông đành rút về doanh trại.

Những tù binh báo cho ông biết rằng họ có thể dẫn đường vòng qua một lối khác để đến đầu bên kia của con đèo. Tuy nhiên, sau khi tìm hiểu và biết con đường này gập ghềnh và nhỏ hẹp, ông để Craterus ở lại doanh trại cùng với lữ đoàn của chính ông và lữ đoàn của Meleager, cộng thêm một ít cung thủ và 500 kỵ binh. Ông ra lệnh cho Craterus rằng khi nào thấy ông đã vòng được ra sau và đang tiến gần đến doanh trại của người Ba Tư (điều mà Craterus có thể dễ dàng nhận biết nhờ tín hiệu kèn lệnh), thì hãy tấn công vào bức tường.

Alexander tiến quân vào ban đêm, đi được khoảng 100 stades. Ông mang theo đội cận vệ mang khiên, lữ đoàn của Perdiccas, những cung thủ trang bị nhẹ nhất, quân Agriania, đội kỵ binh Cận vệ hoàng gia, cùng với một trung đoàn kỵ binh gồm bốn đại đội. Với lực lượng này, ông vòng lại và hành quân về phía con đèo theo lộ trình mà các tù binh đã chỉ dẫn. Ông ra lệnh cho Amyntas, Philotas và Coenus dẫn phần còn lại của quân đội tiến về phía đồng bằng, và bắc một cây cầu qua con sông mà người ta buộc phải băng qua để vào xứ Persis.

Bản thân Alexander đi theo một lối mòn khó khăn và gồ ghề, nhưng ông vẫn thúc quân tiến đi với tốc độ tối đa. Trước bình minh, ông bất ngờ ập vào đội canh gác đầu tiên của quân man di và tiêu diệt chúng; đội canh gác thứ hai cũng chịu chung số phận. Tuy nhiên, phần lớn đội canh gác thứ ba đã kịp thoát thân, không phải bằng cách chạy về doanh trại của Ariobarzanes mà là tháo chạy vào các ngọn núi vì quá hoảng loạn. Do đó, vào lúc rạng đông, Alexander đã ập vào doanh trại quân địch mà không bị phát hiện.

Ngay khoảnh khắc ông bắt đầu tấn công vào chiến hào, tiếng kèn lệnh phát tín hiệu cho Craterus, và viên tướng này lập tức đánh vào công sự phía trước. Quân địch, vì bị tấn công từ mọi phía nên trở nên hoảng loạn, đã bỏ chạy mà không dám giáp lá cà; nhưng chúng bị bao vây tứ phía, một bên là Alexander đang truy kích, bên kia là quân của Craterus ập đến. Vì vậy, phần lớn bọn chúng buộc phải quay đầu chạy ngược về phía các công sự, nơi vốn đã nằm trong tay quân Macedonia. Bởi lẽ, Alexander đã lường trước kịch bản này nên từ trước đó đã để Ptolemy ở lại cùng ba ngàn bộ binh; nhờ vậy, hầu hết quân man di đều bị quân Macedonia tiêu diệt tại chỗ. Những kẻ khác chết trong cuộc tháo chạy kinh hoàng khi lao mình xuống vực thẳm; còn chính Ariobarzanes thì cùng với một vài kỵ binh đã trốn thoát vào các ngọn núi.

Sau đó, Alexander nhanh chóng hành quân quay lại con sông, và thấy cây cầu đã được bắc xong, ông dễ dàng vượt sông cùng với quân đội của mình. Từ đó, ông tiếp tục tiến về Persepolis và đến nơi kịp lúc trước khi đội canh gác thành phố kịp cướp bóc ngân khố. Ông cũng chiếm được số tiền tại Pasargadae trong kho bạc của Cyrus Đại đế, và bổ nhiệm Phrasaortes, con trai của Rheomithres, làm phó vương cai trị người Ba Tư. Ông cho đốt cháy cung điện Ba Tư, mặc dù Parmenio đã khuyên ông nên giữ lại vì nhiều lý do, đặc biệt là vì không nên phá hủy những gì hiện đã là tài sản của chính mình, và hành động này cũng không khiến người dân châu Á quy thuận, trái lại họ sẽ nghĩ rằng ông không có ý định giữ quyền cai trị châu Á mà chỉ muốn chinh phục rồi bỏ đi. Thế nhưng Alexander nói rằng ông muốn trả thù người Ba Tư vì những hành động của họ trong cuộc xâm lược Hy Lạp trước đây, khi họ san phẳng Athens và đốt cháy các đền thờ. Ông cũng muốn trừng phạt người Ba Tư vì tất cả những tổn thất khác mà họ đã gây ra cho người Hy Lạp. Nhưng với tôi, có vẻ như trong dịp này Alexander đã hành động thiếu thận trọng; và tôi cũng không cho rằng đây là hình phạt thích đáng cho người Ba Tư thời cổ đại.