Alexander tại Sardis và Ephesus.

Sau khi bổ nhiệm Calas vào chức tổng trấn vùng lãnh thổ vốn nằm dưới sự cai trị của Arsites, và truyền lệnh cho cư dân tại đây phải nộp cho ông khoản cống vật giống như họ từng nộp cho Darius, Alexander ra lệnh cho những người bản địa từ trên núi xuống hàng hãy trở về nơi cư ngụ của mình. Ông cũng miễn tội cho dân thành Zeleia, vì biết rằng họ bị buộc phải hỗ trợ quân Ba Tư trong cuộc chiến. Sau đó, ông phái Parmenio đến chiếm Dascylium; nhiệm vụ này được thực hiện dễ dàng vì quân đồn trú đã rút lui. Bản thân Alexander tiến quân về phía Sardis. Khi cách thành phố này khoảng 70 stades, ông được Mithrines, viên chỉ huy quân đồn trú tại Acropolis, cùng những công dân có thế lực nhất của Sardis đón tiếp. Họ trao lại thành phố vào tay ông, còn Mithrines thì giao nộp pháo đài cùng số ngân khố cất giữ bên trong. Alexander hạ trại gần con sông Hermus, cách Sardis khoảng hai mươi stades; nhưng ông cử Amyntas, con trai của Andromenes, đi tiếp quản thành trì Sardis. Ông giữ Mithrines bên mình và đối đãi tử tế, đồng thời ban cho người Sardis cùng các cư dân Lydia khác đặc quyền được duy trì luật pháp cổ xưa của Lydia và cho phép họ hưởng tự do. Sau đó, Alexander lên pháo đài, nơi trước đó do quân Ba Tư trấn giữ. Vị trí này đối với ông có vẻ là một nơi phòng thủ kiên cố; vì nó rất cao, vách đá dựng đứng bao quanh các phía và được che chắn bởi ba vòng tường thành. Do đó, ông quyết định xây một ngôi đền thờ thần Zeus Olympus trên đồi và dựng một bàn thờ bên trong; nhưng trong lúc đang cân nhắc đâu là địa điểm thích hợp nhất trên đồi, bất ngờ một cơn bão mùa đông ập đến, dù đang là mùa hè, sấm sét vang rền và mưa đổ xuống đúng nơi từng là cung điện của các vị vua Lydia. Từ sự việc này, Alexander cho rằng thần linh đã tiết lộ cho ông nơi cần xây đền thờ Zeus; và ông ra lệnh thực hiện theo đó. Ông để lại Pausanias, một trong những người thuộc đội Cận vệ (Companions), làm giám sát pháo đài Sardis; Nicias phụ trách việc thu cống vật và thuế; còn Asander, con trai của Philotas, được cử làm tổng quản vùng Lydia cùng phần còn lại trong lãnh địa của Spithridates, với số kỵ binh và bộ binh nhẹ được coi là đủ cho những tình huống khẩn cấp hiện tại. Ông cũng phái Calas và Alexander, con trai của Aëropus, đến vùng đất của Memnon, nắm quyền chỉ huy quân Peloponnese và phần lớn các đồng minh Hy Lạp khác, ngoại trừ quân Argives, những người đã được giữ lại để canh giữ pháo đài Sardis.

Trong khi đó, khi tin tức về trận kỵ binh lan truyền, đội lính đánh thuê Hy Lạp vốn là quân đồn trú tại Ephesus đã chiếm hai chiến thuyền trireme của người Ephesus rồi bỏ chạy. Cùng đi với họ là Amyntas, con trai của Antiochus, kẻ đã chạy trốn khỏi Macedonia để tránh mặt Alexander—không phải vì y bị nhà vua gây tổn hại gì, mà vì lòng ác ý và nghĩ rằng mình có khả năng sẽ bị trừng phạt (do sự bất trung). Bốn ngày sau, Alexander đến Ephesus, nơi ông triệu hồi những người từng bị trục xuất khỏi thành phố vì đứng về phía ông; và sau khi bãi bỏ chế độ đầu sỏ, ông thiết lập chính thể dân chủ tại đó. Ông cũng ra lệnh cho dân Ephesus dâng lên nữ thần Artemis toàn bộ số cống vật mà họ vẫn thường nộp cho người Ba Tư. Khi nỗi sợ hãi về phe đầu sỏ được trút bỏ, người dân Ephesus lao vào sát hại những kẻ từng đưa Memnon vào thành phố, cũng như những kẻ đã cướp phá đền thờ Artemis, kẻ đã lật đổ bức tượng Philip đặt trong đền, và kẻ đã đào bới, lấy đi hài cốt của Heropythus, người giải phóng thành phố của họ, từ ngôi mộ ở quảng trường. Họ còn lôi Syrphax, con trai y là Pelagon, cùng các con trai của anh em Syrphax ra khỏi đền thờ rồi ném đá đến chết. Tuy nhiên, Alexander đã ngăn cản họ truy lùng thêm những thành viên còn lại của phe đầu sỏ để trả thù; vì ông biết rằng nếu không kìm hãm, đám đông sẽ giết cả kẻ vô tội lẫn kẻ có tội, một số vì lòng thù hận, số khác vì ham muốn chiếm đoạt tài sản. Vào thời điểm này, Alexander đã giành được sự ủng hộ lớn từ dân chúng, cả bằng các chính sách chung và đặc biệt là qua những việc ông đã làm tại Ephesus.