Sau khi giải quyết ổn thỏa những vấn đề này, Alexander tiến quân về phía Media vì biết Darius đang ở đó. Về phần Darius, ông đã quyết định rằng nếu Alexander tiếp tục ở lại Susa hoặc Babylon, thì ông sẽ ở lại giữa vùng đất của người Medes để xem liệu Alexander có thay đổi sách lược hay không. Nhưng nếu Alexander tiến đánh, ông dự tính sẽ rút sâu vào nội địa, hướng về Parthia và Hyrcania, xa tới tận Bactria, đồng thời tàn phá tất cả các vùng đất đi qua nhằm khiến Alexander không thể tiến quân thêm được nữa. Do đó, ông đã gửi phụ nữ cùng toàn bộ tài sản còn lại, bao gồm cả những cỗ xe có mái che, tới nơi gọi là Cổng Caspian; còn bản thân ông thì ở lại Ecbatana cùng với số quân tập hợp được từ những lực lượng sẵn có tại đó.

Nghe tin này, Alexander tiến về phía Media. Khi tràn vào vùng đất của người Paraetacae, ông đã khuất phục được nơi này và bổ nhiệm Oxathres, con trai của Abulites (cựu phó vương Susa), làm phó vương cai quản. Trên đường hành quân, nhận được tin Darius quyết tâm giao chiến và muốn thử vận may lần nữa (vì người Scythian và Cadusian đã tới làm đồng minh), ông ra lệnh cho đoàn súc vật thồ cùng lính canh và số hành lý còn lại phải đi theo sau; còn bản thân ông thì dẫn theo đại quân chỉnh đốn đội ngũ, tiến vào Media và tới nơi vào ngày thứ mười hai. Tại đây, ông mới hay tin lực lượng của Darius không hề sẵn sàng cho một trận chiến, đồng minh Cadusian và Scythian cũng chưa tới, mà Darius đã quyết định tháo chạy. Alexander bèn tăng tốc hành quân. Khi chỉ còn cách Ecbatana ba ngày đường, ông gặp Bistanes, con trai của Ochus - vị vua từng trị vì Ba Tư trước thời Darius. Người này thông báo rằng Darius đã bỏ trốn từ năm ngày trước, mang theo 7.000 talent tiền từ kho của người Medes cùng một đạo quân gồm 3.000 kỵ binh và 6.000 bộ binh.

Khi tới Ecbatana, Alexander ra lệnh cho lực lượng kỵ binh Thessalian và các đồng minh Hy Lạp khác quay trở về phía biển, thanh toán đầy đủ tiền lương như đã thỏa thuận, đồng thời tặng thêm 2.000 talent tiền thưởng từ ngân khố cá nhân. Ông ra lệnh rằng nếu bất cứ ai tự nguyện muốn tiếp tục phục vụ trong quân ngũ thì cứ việc ghi danh; và số người ghi danh ở lại cũng không phải là ít. Sau đó, ông chỉ định Epocillus, con trai của Polyeides, dẫn số quân còn lại tiến về phía biển, đồng thời cử một đơn vị kỵ binh khác hộ tống họ, vì toán quân Thessalian đã bán ngựa của mình tại đó. Ông cũng gửi tin cho Menes, giao nhiệm vụ đảm bảo họ được đưa lên các tàu trireme để đến Euboea ngay khi tới biển. Alexander chỉ thị cho Parmenio cất giữ số tiền đang được vận chuyển từ Persis vào thành lũy ở Ecbatana và bàn giao cho Harpalus quản lý; vì ông đã để lại người này trông coi kho bạc cùng với 6.000 lính Macedonia, một số ít kỵ binh và bộ binh hạng nhẹ. Ông bảo Parmenio dẫn theo đội lính đánh thuê Hy Lạp, người Thracian và tất cả các kỵ binh khác ngoại trừ lực lượng Kỵ binh Đồng hành, rồi hành quân qua vùng đất của người Cadusian để tiến vào Hyrcania. Ông cũng nhắn cho Clitus, chỉ huy đội kỵ binh hoàng gia - người trước đó đã ở lại Susa vì lâm bệnh - rằng khi tới Ecbatana từ Susa, ông ta hãy dẫn theo số lính Macedonia đang trông coi kho tiền tại đó và tiến về phía Parthia, nơi chính Alexander cũng dự định sớm sẽ tới.