Khi con tàu Black Pearl lao lên khỏi mặt biển, trở về với thế giới thực tại, tranh chấp lại một lần nữa nổ ra. Barbossa, Elizabeth Swann, Jack Sparrow và Will Turner, bốn người dùng hỏa thương chĩa vào nhau, cố gắng thông qua đàm phán để đạt được mục đích riêng.

Barbossa hy vọng Jack Sparrow sẽ tới Vịnh Tàu Đắm (Shipwreck Cove) để tham dự cuộc họp của các Vua Hải tặc, còn Jack Sparrow lại không muốn tham dự cuộc tụ họp của đám hải tặc này, hắn chỉ muốn tránh xa những tranh chấp đó. Elizabeth Swann và Will Turner cũng muốn Jack Sparrow tham gia, họ lại chĩa mũi nhọn về phía Jack; nhưng nếu không tham dự cuộc họp, Jack Sparrow vẫn sẽ phải chịu sự khống chế của Davy Jones, đây cũng là điều hắn không hề mong muốn.

Cuối cùng, Jack Sparrow là người đầu tiên bóp cò, nhưng lại phát hiện thuốc súng đã bị nước biển làm ướt từ lâu, hoàn toàn không thể đánh lửa, thứ phun ra toàn bộ đều là nước, cuộc tranh đấu này cũng kết thúc một cách vô cùng nhạt nhẽo.

Khi tàu Black Pearl cập bến một hòn đảo nhỏ để bổ sung nước ngọt, họ phát hiện ra xác của con quái vật biển bạch tuộc, thú cưng của Davy Jones. Đây là cuộc hành quyết mà Cutler Beckett ra lệnh cho Davy Jones thực hiện, điều này cũng khiến Jack Sparrow có chút cảm giác "thỏ chết cáo đau". "Thế giới vẫn lớn như vậy, chỉ là không gian của chúng ta đã nhỏ đi mà thôi." Sau khi nói ra câu này, Jack Sparrow cũng quyết định đến cuộc họp của các Vua Hải tặc, gia nhập liên minh chống lại Cutler Beckett.

Thế nhưng, chưa kịp để nhóm người Jack Sparrow tìm được nước ngọt, họ đã phát hiện mình bị thủ hạ của Thiệu Phong khống chế. Will Turner vì muốn đoạt lấy tàu Black Pearl mà bán đứng Barbossa, Jack Sparrow cùng những người khác. Lúc này Jack Sparrow mới phát hiện ra, Will Turner tìm đến mình là để cứu cha, Elizabeth Swann là vì áy náy, Barbossa là vì cuộc họp Vua Hải tặc, thậm chí không có lấy một người vì nhớ nhung hắn mà đến cứu, điều này khiến Jack Sparrow vô cùng oán giận.

Tuy nhiên, Jack Sparrow không có nhiều thời gian để than thân trách phận, bởi Thiệu Phong và Cutler Beckett cũng đã đạt được giao dịch. Will Turner dùng nhóm người Barbossa và Jack Sparrow làm vật trao đổi để đạt được thỏa thuận với Thiệu Phong, hòng giành lấy tàu Black Pearl, nhưng không ngờ Thiệu Phong lại bán đứng hắn cho Cutler Beckett; đồng thời, Thiệu Phong không cho rằng đám ô hợp này có thể đánh bại tàu Flying Dutchman, nên hắn đứng về phía Cutler Beckett, dùng nhóm người này để đổi lấy quyền kiểm soát tàu Black Pearl. Thế nhưng, hắn không ngờ rằng sau khi Cutler Beckett khống chế tất cả mọi người, hắn liền trực tiếp bội ước và vẫn mang con tàu Black Pearl đi.

Trong tình cảnh đó, Barbossa thuyết phục Thiệu Phong gia nhập tổ chức Vua Hải tặc để cùng chống lại Cutler Beckett. Thiệu Phong lại cho rằng Cutler Beckett đã có tàu Flying Dutchman, lại có thêm tàu Black Pearl, tổ chức hải tặc hoàn toàn không có tư cách để đối kháng; còn Barbossa thì nói, họ có Calypso! Calypso, nữ thần đại dương, vì năm xưa bà kiểm soát đại dương, tính tình nóng nảy thất thường, cuối cùng dẫn đến việc chín Vua Hải tặc đời đầu cùng nhau dùng chú ngữ phong ấn bà. Hiện tại Barbossa hy vọng có thể tập hợp chín Vua Hải tặc đời này, thu thập tín vật, sử dụng chú ngữ giải phóng Calypso, như vậy mới có thể đánh bại Cutler Beckett.

Thiệu Phong đồng ý với đề xuất này, nhưng điều kiện trao đổi là Elizabeth Swann phải đi cùng hắn. Thực ra Thiệu Phong cho rằng Elizabeth Swann chính là thể xác nhân loại phong ấn Calypso. Mặc dù Will Turner hết lần này tới lần khác phản đối, nhưng Elizabeth Swann trách móc vì sự cố chấp của Will Turner mới khiến họ rơi vào cảnh này, nên đã đồng ý với điều kiện đó.

Mặt khác, Jack Sparrow cũng đạt được thỏa thuận với Cutler Beckett, hắn sẽ dẫn Cutler Beckett đến Vịnh Tàu Đắm và làm rõ tác dụng của cái gọi là "Chín đồng bạc Tây Ban Nha" (Nine Pieces of Eight); đổi lại, Cutler Beckett sẽ ra lệnh cho Davy Jones xóa bỏ món nợ của Jack Sparrow.

Tàu Black Pearl và hạm đội của Thiệu Phong chia làm hai đường rời đi, Cutler Beckett đuổi theo tàu Black Pearl, sau đó phái James Norrington đi đuổi theo hạm đội của Thiệu Phong.

Sau khi James Norrington lái tàu Flying Dutchman đuổi kịp hạm đội Thiệu Phong, ông liền phát động tấn công. Thiệu Phong tử nạn ngoài ý muốn. Trước khi chết, hắn đã truyền lại vị trí Vua Hải tặc của mình cho Elizabeth Swann và giao tín vật cho nàng. James Norrington cũng gặp lại Elizabeth Swann.

Elizabeth Swann vẫn trách James Norrington không bảo vệ tốt cho cha mình, nên bị tống vào nhà lao trên tàu Flying Dutchman. Trong ngục, nàng đã gặp Bill Turner, nhưng lúc này Bill Turner đã trở thành một phần của thân tàu, ký ức gần như đã tan biến hết. Nghĩa là ngay cả khi Will Turner có cứu được cha mình ra, thì cũng đã quá muộn, điều này khiến Elizabeth Swann lập tức cảm thấy tâm lực tiều tụy.

James Norrington tự ý thả Elizabeth Swann và các thủy thủ của Thiệu Phong, để họ quay về hạm đội của Thiệu Phong. James Norrington bày tỏ sự hối lỗi, Elizabeth Swann yêu cầu ông cùng rời đi, nhưng lại phát hiện Bill Turner đã phát hiện ra cuộc đào tẩu của họ và cố gắng cảnh báo, vì vậy James Norrington ở lại chặn hậu. Kết quả là James Norrington đã bị Bill Turner mất trí nhớ giết chết, đổi lấy sự đào thoát cho Elizabeth Swann và những người khác.

Ngoài ra trên tàu Black Pearl, thực ra Will Turner cũng bí mật đạt được thỏa thuận với Cutler Beckett. Trước đó khi đạt được thỏa thuận với Thiệu Phong ở Singapore, Thiệu Phong chính là thông qua Will Turner để bắt mối với Cutler Beckett, chỉ là Will Turner không ngờ Thiệu Phong lại đá mình ra để trực tiếp thỏa thuận với Cutler Beckett. Lúc này, Will Turner buộc xác chết vào thùng rượu rồi ném xuống biển, thông qua cách để xác chết thu hút mòng biển mà chỉ phương hướng cho Cutler Beckett.

Jack Sparrow, người cũng đạt được thỏa thuận với Cutler Beckett, đã phát hiện ra điều này. Jack Sparrow hứa sẽ thay hắn giết chết Davy Jones, nắm quyền điều khiển tàu Flying Dutchman, ban tự do cho Bill Turner, như vậy Will Turner không những cứu được cha mà còn có thể ở bên Elizabeth Swann, còn Jack Sparrow thì có thể trở thành kẻ mãi mãi phiêu bạt trên biển. Sau khi đạt được thỏa thuận, Jack Sparrow đã ném Will Turner xuống biển, để Will Turner trực tiếp đi hội hợp với Cutler Beckett, còn hắn thì tiếp tục ở lại tàu Black Pearl.

Khi tàu Black Pearl cập bến Vịnh Tàu Đắm, Tia Dalma định rời đi nhưng bị Barbossa giữ lại. Hóa ra nữ phù thủy Tia Dalma chính là Calypso, và người năm xưa yêu Davy Jones chính là bà. Chỉ là Calypso năm xưa đã mất kiểm soát, Davy Jones cũng không biết liệu Calypso có thực sự yêu mình hay không, trong tình thế bất đắc dĩ mới liên kết với tám Vua Hải tặc khác để phong ấn Calypso đã mất đi lý trí.

Mà Calypso - tức Tia Dalma - muốn cứu Jack Sparrow, cũng là vì lúc đầu chín Vua Hải tặc cùng nhau phong ấn bà, muốn giải trừ phong ấn cũng bắt buộc phải có chín Vua Hải tặc!

Rất nhanh, chín Vua Hải tặc trên thế giới cùng tụ họp tại Vịnh Tàu Đắm. Họ lần lượt là Vua Hải tặc vùng Caribbean - Jack Sparrow, Vua Hải tặc Nam Trung Hoa - Elizabeth Swann, Vua Hải tặc Biển Caspian - Barbossa, Vua Hải tặc Ấn Độ Dương - Sumbhajee, Vua Hải tặc Biển Đen - Ammand, Vua Hải tặc Địa Trung Hải - Chevalle, Vua Hải tặc Thái Bình Dương - Thanh phu nhân (Mistress Ching), Vua Hải tặc Đại Tây Dương - Jocard, Vua Hải tặc biển Adriatic - Villanueva. Những vị Vua Hải tặc sở hữu sức mạnh mạnh nhất đã lâu không gặp này đã tổ chức một cuộc họp quan trọng.

Trong cuộc họp, họ xảy ra tranh cãi kịch liệt về việc nên chính diện nghênh chiến Cutler Beckett hay trốn trong Vịnh Tàu Đắm - pháo đài không thể công phá này; ngoài ra về việc có nên giải phóng Calypso hay không, chín người cũng có ý kiến trái chiều. Trong tình thế bất đắc dĩ, họ chỉ còn cách đem Pháp điển ra.

Cuối cùng, Jack Sparrow đề nghị dựa vào Pháp điển để bầu ra một Vua Hải tặc nhằm đưa ra quyết định cuối cùng. Các Vua Hải tặc đều bầu cho chính mình. Còn Jack Sparrow lại lựa chọn Elizabeth Swann một cách đầy bất ngờ. Thế là Elizabeth Swann trở thành Vua Hải tặc.

Elizabeth Swann chủ trương chiến đấu, nhưng sau khi ra ngoài mới phát hiện hạm đội của Cutler Beckett quá mức hùng mạnh, trong tình thế bất đắc dĩ chỉ có thể chọn cách đàm phán.

Đại diện của phía hải tặc là Elizabeth, Barbossa và Jack, còn đại diện phía bên kia là Beckett, Will và Davy Jones. Cuối cùng, Jack và Will trao đổi cho nhau, và trước khi Jack rời đi, Barbossa đã giở mẹo, giữ lại tín vật dùng để phong ấn Calypso của Jack Sparrow. Ngay sau đó, chiến tranh bùng nổ.

Jack Sparrow đúng như dự tính, lên được tàu Flying Dutchman. Điều tiếp theo hắn cần làm là tìm được trái tim của Davy Jones, đâm xuyên qua nó, sau đó thay thế Davy Jones trở thành thuyền trưởng tàu Flying Dutchman, rồi giúp tàu Black Pearl quay đầu đối phó với Cutler Beckett.

Quay trở lại tàu Black Pearl, Barbossa đã thành công giải phóng Calypso, gây ra cơn sóng thần dữ dội. Trong cơn sóng thần, tàu Black Pearl và tàu Flying Dutchman triển khai cuộc giao tranh kịch liệt.

Jack Sparrow trải qua muôn vàn khó khăn cuối cùng cũng lấy được trái tim của Davy Jones, nhưng ngay trước khi hắn định giơ tay đâm xuống, Davy Jones lại là người đâm một kiếm xuyên qua trái tim của Will Turner. Trong tình cảnh đó, Jack Sparrow chỉ có thể từ bỏ giấc mơ trở thành thuyền trưởng hải tặc bất tử của mình, nắm lấy tay phải của Will Turner, đâm xuyên trái tim của Davy Jones. Davy Jones tử vong, tàu Flying Dutchman cũng được giải phóng, đồng thời Will Turner trở thành thuyền trưởng mới của tàu Flying Dutchman.

Dưới sự dẫn dắt của Will Turner, tàu Flying Dutchman cùng tàu Black Pearl của Jack Sparrow giáp công hai phía, cùng nhau đánh chìm chiến hạm Endeavour của Đô đốc Cutler Beckett! Sau khi hiểu rõ ngọn ngành sự việc, Cutler Beckett vô cùng chấn động, khi tất cả thủy thủ đều bỏ tàu tháo chạy, ông ta lại ở lại trên tàu, giữa những mảnh gỗ bay đầy trời, ông ta oanh liệt bị ngọn lửa nuốt chửng.

Sau chiến thắng, Will Turner trao trái tim cho Elizabeth Turner, rồi cùng với những thủy thủ Bill Turner còn sót lại, lái tàu Flying Dutchman bắt đầu cuộc hành trình mới. Còn thuyền trưởng Barbossa thì bỏ lại Jack Sparrow, mang theo tàu Black Pearl đi tìm Suối Nguồn Tươi Trẻ (Fountain of Youth), nhưng sau khi ông rời đi mới phát hiện ra phần giữa của tấm hải đồ đã bị Jack Sparrow khoét mất, còn Jack Sparrow bị bỏ lại thì đang cầm hải đồ bí ẩn lái con thuyền buồm nhỏ, bắt đầu chuyến phiêu lưu hải tặc mới của mình!

Sau khi bộ phim kết thúc, khi toàn bộ danh đề đã chiếu xong, vẫn còn một đoạn phim ngắn (trứng phục sinh). Đó là mười năm sau, Elizabeth Swann dẫn theo đứa con trai của nàng và Will Turner, dưới ánh hoàng hôn, gặp lại Will Turner. Mười năm mới được lên bờ một ngày, đây là điều khó khăn và gian khổ đến nhường nào, nhưng lại trở nên vô cùng tốt đẹp vì đối tượng này!

Đến đây, "Cướp biển vùng Caribbean 3" đã hạ màn, cũng khép lại toàn bộ bộ ba phim Cướp biển!