Tại nơi hợp lưu của sông Acesines và Indus, ông dừng chân đợi Perdiccas cùng đại quân tới nơi, sau khi Perdiccas đã đánh tan bộ lạc độc lập Abastanians trên đường hành quân. Trong thời gian đó, thêm ba mươi chiếc chiến thuyền chèo tay và các tàu buôn đã được đóng cho ông bởi người Xathrians - một bộ lạc độc lập khác của người Ấn Độ đã quy hàng ông - cũng kịp gia nhập. Từ phía người Ossadians, một bộ lạc độc lập khác của người Ấn, các sứ giả cũng tới để dâng lời quy phục. Sau khi ấn định lấy nơi hợp lưu của hai con sông Acesines và Indus làm ranh giới cho chức phó vương của Philip, ông để lại cho ông ta toàn bộ quân Thracia cùng số lượng bộ binh mà ông cho là đủ để bảo đảm an ninh cho vùng đất này. Ông cũng ra lệnh thành lập một thành phố ngay tại nơi giao nhau của hai dòng sông, với kỳ vọng nơi đây sẽ trở nên rộng lớn và lừng danh hậu thế. Ông cũng ra lệnh xây dựng một xưởng đóng tàu tại đó.

Vào thời điểm này, Oxyartes người Bactria, cha của Roxana vợ ông, đã đến gặp ông. Alexander trao cho ông ta chức phó vương cai quản vùng Parapamisadians, sau khi bãi miễn vị phó vương tiền nhiệm là Tiryaspes vì có tin báo cáo rằng người này đã lạm quyền. Sau đó, ông ra lệnh cho Craterus dẫn theo lực lượng chủ lực và đàn voi chiến sang bờ trái sông Indus, một phần vì đường đó dễ hành quân hơn cho lực lượng trang bị nặng, phần khác vì các bộ lạc cư ngụ quanh vùng này không mấy thân thiện. Bản thân ông thì xuôi dòng đến thủ phủ của người Sogdian; tại đó, ông cho củng cố một thành phố khác, xây dựng thêm một xưởng đóng tàu, và sửa chữa lại số tàu thuyền đã bị hư hại. Ông bổ nhiệm Oxyartes làm phó vương, và cử Peithon làm tổng trấn cai quản vùng đất trải dài từ nơi hợp lưu của sông Indus và Acesines cho đến tận biển, bao gồm toàn bộ khu vực duyên hải Ấn Độ. Sau đó, ông lại phái Craterus cùng đạo quân của ông ta đi qua vùng đất của người Arachotians và Drangians; còn chính ông thì xuôi theo dòng sông tiến vào lãnh địa của Musicanus, nơi được cho là vùng trù phú nhất của Ấn Độ.

Ông tiến quân đánh vị vua này vì người đó vẫn chưa đến gặp ông để dâng lời quy phục bản thân và đất nước, cũng chẳng hề gửi sứ giả tới cầu thân. Hắn thậm chí còn không gửi những lễ vật xứng tầm dâng lên một vị đại vương, hay cầu xin bất cứ ân huệ nào từ ông. Alexander thúc quân xuôi dòng nhanh đến mức ông đã đặt chân đến biên giới lãnh địa của Musicanus trước khi hắn kịp hay tin Alexander đã khởi binh đánh mình. Musicanus vô cùng hoảng sợ, lập tức vội vã đến nghênh đón ông, mang theo những lễ vật quý giá nhất của người Ấn Độ cùng toàn bộ đàn voi của mình. Hắn xin được dâng cả quốc gia và bản thân cho ông, đồng thời thừa nhận sai lầm của mình - đây chính là cách hiệu quả nhất để bất cứ ai có được điều mình muốn từ Alexander. Nhờ những cân nhắc đó, Alexander đã ân xá cho những lỗi lầm của hắn. Ông cũng ban cho hắn đặc quyền được tiếp tục cai trị thành phố và vùng đất của mình, cả hai nơi mà Alexander đều rất ngưỡng mộ. Craterus được chỉ thị phải gia cố thành trì tại thủ đô; việc này đã được thực hiện ngay khi Alexander vẫn còn ở đó. Một đội quân đồn trú cũng được đặt tại đây, bởi ông cho rằng địa điểm này rất thích hợp để giữ các bộ lạc xung quanh trong vòng kiềm tỏa.