Sau đó, những binh sĩ Macedonia không còn đủ sức phục vụ do tuổi già hoặc bất kỳ lý do bất hạnh nào khác, đã tự nguyện hồi hương, tổng số lên tới khoảng mười nghìn người. Alexander không những trả đủ tiền lương cho thời gian họ đã phục vụ mà còn trả thêm cả khoảng thời gian họ đi đường trở về nhà. Ông còn ban thưởng mỗi người một ta-lăng (talent) bên cạnh khoản lương đó. Nếu người nào có con với vợ người châu Á, ông ra lệnh họ phải để lại những đứa trẻ ấy cho ông chăm sóc, kẻo chúng gây ra sự bất hòa ở Macedonia khi sống chung cùng những đứa con được sinh ra từ các người mẹ Macedonia ở quê nhà. Ông hứa sẽ lo liệu để chúng được nuôi dạy như những người Macedonia, không chỉ giáo dục kiến thức phổ thông mà còn cả nghệ thuật chiến tranh. Ông cũng cam kết sẽ đưa chúng về Macedonia khi đến tuổi trưởng thành và trao lại cho cha của chúng. Những lời hứa hẹn mơ hồ và chưa rõ ràng ấy được đưa ra khi họ sắp sửa lên đường; và ông tin rằng mình đã đưa ra bằng chứng xác thực nhất về tình bằng hữu và sự yêu mến dành cho họ bằng cách cử Craterus, người mà ông tin cẩn nhất và coi trọng như chính bản thân mình, làm người bảo hộ và chỉ huy đoàn quân hồi hương. Sau đó, ông chào tạm biệt từng người, và trong khi ông rơi lệ, họ cũng rưng rưng nước mắt rời khỏi sự hiện diện của nhà vua.

Ông ra lệnh cho Craterus dẫn số binh sĩ này về nước, và sau khi hoàn thành nhiệm vụ, ông ta sẽ tiếp quản quyền cai trị tại Macedonia, Thrace và Thessaly, đồng thời giữ quyền bảo trợ sự tự do cho người Hy Lạp. Ông cũng ra lệnh cho Antipater phải tập hợp những người Macedonia đang ở độ tuổi sung sức để sang thay thế cho những người vừa được cho về. Ông còn cử Polysperchon đi cùng với Craterus với tư cách là phó tướng, phòng trường hợp Craterus gặp bất trắc trên đường đi (vì ông cử Craterus về cũng một phần do sức khỏe của người này đang yếu dần), để đoàn quân không rơi vào cảnh vô chủ. Khi ấy, cũng có một lời đồn đại bí mật rằng Alexander đã bị những lời cáo buộc của mẹ mình đối với Antipater làm cho lung lay, và ông muốn cách chức ông ta khỏi Macedonia. Lời đồn này phổ biến trong số những kẻ luôn cho rằng hành động của hoàng gia càng bí ẩn bao nhiêu thì càng đáng kính bấy nhiêu, và những kẻ có xu hướng gán những sự việc vốn đáng tin cậy cho những động cơ xấu xa thay vì nhìn nhận thực tế; một khuynh hướng xuất phát từ vẻ bề ngoài và chính bản chất đồi bại của họ.

Nhưng rất có thể việc triệu tập Antipater không nhằm mục đích làm nhục ông ta, mà là để ngăn chặn những hậu quả khó lường từ cuộc tranh cãi giữa Antipater và Olympias mà chính Alexander cũng khó lòng dàn xếp được. Bởi lẽ họ không ngừng viết thư gửi cho Alexander, người trước thì nói rằng sự kiêu ngạo, gay gắt và thói can thiệp quá mức của Olympias là điều vô cùng không phù hợp đối với một hoàng hậu mẹ; đến nỗi có lời kể rằng Alexander đã từng thốt lên về những báo cáo nhận được từ mẹ mình rằng: bà ấy đang đòi ông trả một khoản tiền thuê nhà đắt đỏ cho mười tháng mang nặng đẻ đau. Còn phía hoàng hậu lại viết rằng Antipater ngày càng trở nên ngạo mạn quá mức trong các yêu sách và trong cách phục vụ tại triều đình, không còn nhớ đến người đã bổ nhiệm mình, mà lại toan tính chiếm lấy và nắm giữ vị trí đứng đầu trong số những người Macedonia và Hy Lạp. Những lời cáo buộc chống lại Antipater dường như có trọng lượng hơn đối với Alexander, vì chúng ảnh hưởng trực tiếp đến phẩm giá hoàng gia. Tuy nhiên, không có hành động hay lời nói công khai nào của nhà vua được ghi nhận để cho thấy rằng Antipater không còn được ông sủng ái như trước nữa.