Vì vậy, ông vượt sông cùng một bộ phận quân đội tiến vào Sogdiana, để Polysperchon, Attalus, Gorgias, và Meleager ở lại cùng người Bactria, với chỉ thị phải canh giữ vùng đất này, ngăn cản dân man di trong khu vực có hành vi nổi loạn, và trấn áp những kẻ đã phản kháng. Ông chia quân lực bên mình thành năm đơn vị; đơn vị thứ nhất do Hephaestion chỉ huy, đơn vị thứ hai do Ptolemy, con trai của Lagus, cận vệ tin cẩn, nắm quyền; đơn vị thứ ba được giao cho Perdiccas; Coenus và Artabazus chỉ huy lữ đoàn thứ tư, còn chính ông dẫn đầu đơn vị thứ năm thâm nhập sâu vào vùng đất này hướng về phía Maracanda. Các đơn vị khác cũng tiến quân tùy theo tình hình thực tế, dùng vũ lực khuất phục một số kẻ đã trốn vào các thành trì, và bắt giữ những kẻ đầu hàng theo các điều kiện quy ước. Khi toàn quân đã tới Maracanda, sau khi băng qua phần lớn vùng đất của người Sogdiana, ông cử Hephaestion đi thiết lập các thuộc địa tại những thành phố thuộc Sogdiana. Ông cũng phái Coenus và Artabazus tiến vào Scythia, vì nhận được tin báo rằng Spitamenes đã chạy trốn sang đó; còn bản thân ông cùng số quân còn lại tiếp tục băng qua Sogdiana và dễ dàng khuất phục mọi nơi vẫn còn bị quân nổi dậy chiếm giữ.

Trong khi Alexander bận rộn với những công việc đó, Spitamenes, cùng một số người lưu vong Sogdiana, đã trốn sang vùng đất của người Scythia gọi là Massagetians, và sau khi tập hợp được 600 kỵ binh từ dân tộc này, ông ta tiến tới một trong những pháo đài ở Bactriana. Đánh úp viên chỉ huy pháo đài này, kẻ vốn không hề đề phòng bất kỳ cuộc tấn công thù địch nào, cùng những binh sĩ đang canh gác với ông ta, Spitamenes đã tiêu diệt đám lính và bắt sống viên chỉ huy, giam giữ ông ta lại. Được khích lệ bởi việc chiếm được pháo đài này, vài ngày sau, ông ta tiếp cận Zariaspa; nhưng quyết định không tấn công thành phố, ông ta rút quân sau khi đã thu gom một lượng lớn chiến lợi phẩm. Tuy nhiên, tại Zariaspa, một vài kỵ binh Companion đã bị bỏ lại do đau ốm, cùng với họ là Peithon, con trai của Sosicles, người được đặt trông coi gia nhân hoàng gia tại Zariaspa, và nghệ sĩ đàn hạc Aristonicus. Những người này, khi nghe tin về cuộc đột kích của quân Scythia và lúc này đã bình phục, liền cầm vũ khí và lên ngựa. Sau đó, tập hợp thêm tám mươi kỵ binh lính đánh thuê Hy Lạp, những người đã được để lại canh giữ Zariaspa, và một số thị đồng hoàng gia, họ xuất quân tiến đánh người Massagetians. Đánh úp quân Scythia, những kẻ vốn không hề nghi ngờ gì về sự việc này, họ giành lại toàn bộ chiến lợi phẩm ngay trong đợt tấn công đầu tiên, và tiêu diệt nhiều kẻ đang áp tải số của cải đó. Nhưng vì không có ai chỉ huy, họ rút lui mà không hề giữ đội hình: và khi bị Spitamenes cùng những người Scythia khác dẫn dụ vào một cuộc phục kích, họ mất bảy kỵ binh Companion và sáu mươi kỵ binh lính đánh thuê. Nghệ sĩ đàn hạc Aristonicus cũng tử trận tại đó, tỏ rõ mình là một người dũng cảm, vượt xa những gì có thể mong đợi ở một nhạc công. Peithon, do bị thương, đã bị người Scythia bắt làm tù binh.