Khi tin tức này đến tai Craterus, ông lập tức dẫn quân hành quân cấp tốc đánh đám người Massagetian. Khi biết Craterus đang tiến đến, đám người này bỏ chạy thục mạng về phía sa mạc. Bám sát theo đuôi, ông bắt kịp họ cùng hơn 1.000 kỵ binh Massagetian khác, cách sa mạc không xa. Một trận chiến ác liệt nổ ra, và quân Macedonia giành chiến thắng. Có 150 kỵ binh Scythian bị tiêu diệt; tuy nhiên số còn lại đều dễ dàng trốn thoát vào sa mạc, vì quân Macedonia không thể tiếp tục truy đuổi thêm được nữa.

Cũng vào lúc đó, Alexander chấp thuận cho Artabazus từ chức phó vương xứ Bactria theo nguyện vọng cá nhân do tuổi cao sức yếu; Amyntas, con trai của Nicolaüs, được chỉ định thay thế vị trí này. Coenus được lệnh ở lại cùng đội quân của mình và đội của Meleager, cùng 400 kỵ binh hộ vệ và toàn bộ kỵ binh cung thủ, bên cạnh lực lượng Bactria, Sogdiana và các đơn vị khác dưới quyền chỉ huy của Amyntas. Tất cả đều nhận lệnh nghiêm ngặt phải phục tùng Coenus và đóng quân suốt mùa đông tại Sogdiana để bảo vệ vùng đất này, đồng thời bắt giữ Spitamenes nếu có thể lừa hắn vào ổ phục kích trong lúc hắn lang thang khắp nơi vào mùa đông.

Nhưng khi Spitamenes nhận thấy mọi nơi đều đã bị quân Macedonia chiếm đóng làm đồn trú, và chẳng bao lâu nữa hắn sẽ không còn đường trốn chạy, hắn quyết định quay lại đối đầu với Coenus và đội quân của ông, tin rằng làm như vậy sẽ có cơ hội chiến thắng hơn. Hắn tiến đến Bagae, một cứ điểm kiên cố ở Sogdiana nằm trên vùng biên giới giữa đất của người Sogdiana và người Scythian Massagetian, và dễ dàng thuyết phục được 3.000 kỵ binh Scythian cùng mình xâm lược Sogdiana. Việc xúi giục đám người Scythian này tham gia hết cuộc chiến này đến cuộc chiến khác là một việc dễ dàng, bởi họ luôn bị cái nghèo bủa vây, đồng thời lại chẳng có thành quách hay nơi định cư ổn định nào để phải lo lắng giữ gìn những thứ quý giá nhất đối với mình.

Khi Coenus biết Spitamenes đang tiến tới cùng kỵ binh của hắn, ông liền dẫn quân nghênh chiến. Một cuộc giao tranh ác liệt nổ ra, quân Macedonia lại giành thắng lợi, khiến hơn 800 kỵ binh của phe man tộc tử trận, trong khi Coenus chỉ tổn thất 25 kỵ binh và 12 bộ binh. Hệ quả là, những người Sogdiana vẫn còn lại bên phe Spitamenes, cũng như phần lớn quân Bactria, đã bỏ hắn trong lúc tháo chạy và tìm đến đầu hàng Coenus. Đám người Scythian Massagetian, sau khi nếm mùi thất bại, đã quay sang cướp bóc hành lý của chính những quân lính Bactria và Sogdiana đang phục vụ trong cùng hàng ngũ với mình, rồi cùng Spitamenes chạy trốn vào sa mạc. Nhưng khi nghe tin Alexander đang rục rịch chuẩn bị tiến vào sa mạc, chúng liền chặt đầu Spitamenes và gửi cho ông, với hy vọng hành động này sẽ khiến ông từ bỏ ý định truy đuổi chúng.