Bộ Instauratio Magna được xuất bản vào năm 1620, khi Bacon vẫn còn giữ chức đại pháp quan.

Trong lời đề tặng dâng lên vua James I vào năm 1620 — nơi ông cho biết bản thân đã tâm huyết với công trình này gần ba mươi năm — ông đã xúc động bày tỏ rằng: “Lý do khiến tôi cho xuất bản nó lúc này, dẫu hãy còn nhiều điểm chưa hoàn thiện, nói cho ngay, là vì quỹ thời gian của tôi đã cạn, và tôi muốn tác phẩm được gìn giữ.” Tổ quốc ông và cả thế giới đều đồng cảm với vị triết gia, và chắc chắn sẽ coi sự thất lạc của tác phẩm này là một trong những mất mát lớn lao nhất của nhân loại.

Công trình được trau chuốt tỉ mỉ đến mức Bacon đã tự tay chép lại nó tới mười hai lần.

Tác phẩm được chia làm sáu phần. Phần đầu mang tựa đề Partitiones Scientiarum, tức các phân ngành tri thức mà nhân loại đang sở hữu, trong đó tác giả đã chỉ ra những thiếu sót và điểm chưa hoàn thiện của từng ngành. Điều này ông đã thực hiện từ trước qua tác phẩm Sự tiến bộ của tri thức (Advancement of Learning).

Phần 2 là Novum Organum Scientiarum, hay phương pháp mới nghiên cứu các khoa học — một cái tên có lẽ bắt nguồn từ bộ Organon (các chuyên luận về Lô-gic) của Aristotle. Ông định hướng đây sẽ là “khoa học về việc sử dụng lý trí một cách đúng đắn và hoàn thiện hơn trong việc khảo sát vạn vật và hướng tới mục đích chân chính của sự hiểu biết.” Tác phẩm này thường được gọi là phương pháp quy nạp, tức phương pháp thực nghiệm, xuất phát từ nguyên lý quy nạp — tức là tập hợp các dữ liệu rồi rút ra từ đó những nguyên lý hoặc chân lý chung, qua đó tác giả đề xuất việc nâng cao mọi loại hình tri thức. Đây chính là cốt lõi làm nên triết học Baconian một cách ưu việt. Không phải là suy luận dựa trên phỏng đoán về các định luật và thuộc tính của tự nhiên, mà như cách Bacon gọi một cách hình ảnh là “đặt câu hỏi với tự nhiên,” tức là tiến hành thực nghiệm, nhẫn nại thu thập dữ liệu trước tiên, và khi đã có đủ số lượng cần thiết, mới hình thành nên các hệ thống hoặc học thuyết dựa trên nền tảng ấy.

Nhưng tác phẩm này thiên về bản tóm lược của một công trình đồ sộ hơn mà ông từng hoạch định, các châm ngôn trong đó, theo Hallam, giống như “những đề mục hoặc luận điểm của các chương” hơn. Dẫu vậy, một số nguyên lý ở đây mang tầm quan trọng tối thượng. Ta có thể lấy một dẫn chứng trích từ “Sự giải mã tự nhiên và quyền thống trị của con người đối với tự nhiên.” Đó chính là câu đầu tiên trong bộ Novum Organum. “Con người, kẻ bề tôi và thông dịch viên của tự nhiên, chỉ có thể thấu hiểu và hành động chừng nào hắn quan sát và chiêm nghiệm trật tự của tự nhiên; ngoài ra, hắn không thể biết hay làm gì hơn thế.” Điều này, như đã được nhìn nhận một cách công tâm, chính là nền tảng cho mọi tri thức đích thực của chúng ta.

Bộ Novum Organum quan trọng đến mức chúng tôi thấy cần thiết phải trình bày những mô tả chi tiết hơn về nó.

Phần thân của tác phẩm được chia làm hai phần; trong đó phần trước đóng vai trò như lời mở đầu cho phần sau, là bước chuẩn bị tâm thế để tiếp nhận học thuyết.

Bacon mở đầu bằng nỗ lực gạt bỏ những định kiến và thu hút sự chú ý công bằng cho học thuyết của mình. Ông ví triết học như “một kim tự tháp đồ sộ, có phần nền móng là lịch sử tự nhiên”; ông so sánh những kẻ mưu cầu dựng xây bằng sức mạnh của tư duy trừu tượng với những người khổng lồ thuở xưa, theo các nhà thơ, từng mưu toan chồng núi Ossa lên đỉnh Pelion, rồi lại chất núi Olympus lên đỉnh Ossa. Phương pháp “đón đầu tự nhiên,” ông kịch liệt lên án là “liều lĩnh, vội vàng và phi triết học”; trong khi đó, “những sự giải mã tự nhiên, hay những chân lý đích thực đạt được qua suy diễn, không thể lập tức làm chấn động tâm trí; và khi kết luận thực sự hiện hữu, nó có thể vấp phải định kiến và tỏ ra vô lý đến mức đứng trước nguy cơ không được đón nhận, dẫu cho có đầy đủ bằng chứng hậu thuẫn, tựa như những mầu nhiệm của đức tin.”

Bacon trước hết tấn công “Những thần tượng của tâm trí,” tức là cội nguồn của những định kiến lớn lao, rồi đến các học thuyết triết học sai lầm khác; tiếp theo, ông chỉ ra những đặc điểm của các hệ thống sai lầm, nguyên nhân gây ra sai lầm trong triết học, và cuối cùng là những cơ sở hy vọng về sự tiến bộ của khoa học.

Giờ đây, mượn lời của chính ông, ông khao khát “chỉ gieo những hạt giống của chân lý thuần khiết cho hậu thế, chứ không muốn lùi bước trong việc đóng góp sức mình cho những bước khởi đầu của các đại sự.” Ông còn nói thêm: “Mong sao nhân loại lấy lại được quyền thống trị đối với tự nhiên — vốn thuộc về họ nhờ ân huệ của Đấng Tạo Hóa — và khi ấy lý trí sáng suốt cùng tôn giáo chân chính sẽ dẫn dắt cách họ sử dụng nó.”

Phần thứ hai của Novum Organum có thể chia thành ba mục. Mục thứ nhất bàn về việc khám phá các dạng thức, tức là các nguyên nhân trong tự nhiên. Mục thứ hai gồm các bảng biểu minh họa cho phương pháp quy nạp, và mục thứ ba — cũng là mục cuối cùng — được gọi là học thuyết về các trường hợp, tức là những dữ liệu liên quan đến việc khám phá nguyên nhân.

Phần thứ ba của Instauratio Magna vốn được định hình là một bộ Lịch sử Tự nhiên, theo cách gọi của ông, hay đúng hơn là lịch sử về các thực thể tự nhiên có sự nhúng tay của nghệ thuật con người, qua đó vẽ nên bức tranh lịch sử của toàn vẹn tự nhiên.

Phần 4, mang tên Scala intellectus, hay Chiếc thang trí tuệ, được thiết kế nhằm mục đích — mượn lời chính ông — đưa ra “những mẫu hình và mô hình phơi bày trước mắt chúng ta toàn bộ quá trình vận hành của tâm trí trong công cuộc khám phá chân lý, thông qua việc lựa chọn các trường hợp đa dạng và tiêu biểu.”

Trong phần thứ năm, ông dự định sẽ đưa ra những mẫu vật của triết học mới; tuy nhiên, chỉ một vài mảnh vỡ của phần này được công bố. Nó lẽ ra phải là “phút bù giờ thú vị cho đến khi công trình chính được dựng lên.”

Phần thứ sáu và cũng là phần cuối cùng là để “trưng bày một hệ thống triết học hoàn chỉnh được suy luận và củng cố bằng một cuộc khảo cứu hợp pháp, cẩn trọng và chuẩn xác theo đúng phương pháp mà ông đã vạch ra và sáng chế.” Bacon ngậm ngùi: “Để hoàn thiện phần cuối cùng này thì vượt quá sức lực và sự kỳ vọng của chúng ta.”

Dù vậy, hãy cùng quay lại phần mở đầu trong chốc lát để ghi nhận rằng ông khép lại phần nhập đề bằng một lời nguyện cầu đầy nhiệt huyết, mong sao những nỗ lực của bản thân sẽ mang lại kết quả thiết thực trong việc chạm đến chân lý và hạnh phúc. Nhưng ông tự cảm thấy bất lực, bởi “quỹ thời gian của ông đã cạn,” không thể dẫn dắt nhân loại đến cái đích hằng mong ước. Ông chỉ được ban phó sứ mệnh chỉ đường đến miền đất hứa; nhưng ngập tràn tiếc nuối như Moses, sau khi trông thấy nó từ chốn xa xăm, ông lại bị tước mất quyền đặt chân lên mảnh đất mà chính mình đã mở lối dẫn dắt.